Graph Neural Networks (GNNs) have emerged as a critical tool for optimizing and managing the complexities of the Internet of Things (IoT) in next-generation networks. This survey presents a comprehensive exploration of how GNNs may be harnessed in 6G IoT environments, focusing on key challenges and opportunities through a series of open questions. We commence with an exploration of GNN paradigms and the roles of node, edge, and graph-level tasks in solving wireless networking problems and highlight GNNs' ability to overcome the limitations of traditional optimization methods. This guidance enhances problem-solving efficiency across various next-generation (NG) IoT scenarios. Next, we provide a detailed discussion of the application of GNN in advanced NG enabling technologies, including massive MIMO, reconfigurable intelligent surfaces, satellites, THz, mobile edge computing (MEC), and ultra-reliable low latency communication (URLLC). We then delve into the challenges posed by adversarial attacks, offering insights into defense mechanisms to secure GNN-based NG-IoT networks. Next, we examine how GNNs can be integrated with future technologies like integrated sensing and communication (ISAC), satellite-air-ground-sea integrated networks (SAGSIN), and quantum computing. Our findings highlight the transformative potential of GNNs in improving efficiency, scalability, and security within NG-IoT systems, paving the way for future advances. Finally, we propose a set of design guidelines to facilitate the development of efficient, scalable, and secure GNN models tailored for NG IoT applications.


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