数量性状基因定位分析中随机模型方差组分的回归解法

项目名称： 数量性状基因定位分析中随机模型方差组分的回归解法

项目编号： No.31172190

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 畜牧学与草地科学、兽医学、水产学

项目作者： 杨润清

作者单位： 上海交通大学

项目金额： 55万元

中文摘要： 在数量性状基因定位分析中，基于极大似然的方差组分法被公认为完全适用于任意系谱群体的一种有效的统计方法，然而其可操作性因方差组分的非线性极大似然求解和大规模全基因组关联分析而受到极大限制。根据亲缘对表型方差协方差与每个待估方差组分间的线性关系，用亲缘对表型值离均差平方和乘积无偏估计表型方差协方差，建立用来估计随机模型方差组分的线性回归模型。在这个多元线性模型中，自变量是每个方差组分对应的IBD和亲缘系数值。将这种简便的方差组分回归求解方法分别应用于基因定位的连锁分析和全基因组关联分析中：研究基于单个QTL的区间定位和单个SNP分析方法，以及多个QTL的贝叶斯连锁分析方法和大量SNP的LASSO过饱和方程求解方法。计算机模拟分析所建议方法的检测效力和假阳性率，并与基于最大似然的方差组分方法比较。通过在动植物数量性状连锁定位和人类疾病的全基因组关联分析的应用，检验方法的可靠性和适应性。

中文关键词： 数量性状；系谱群体；LASSO；QTL；混合模型

英文摘要：

英文关键词： Quantitative Traits；Pedigree population；LASSO；QTL；Mixed model