Deep learning for Hamiltonian regression of quantum systems in material research necessitates satisfying the covariance laws, among which achieving SO(3)-equivariance without sacrificing the non-linear expressive capability of networks remains unsolved. To navigate the harmonization between equivariance and expressiveness, we propose a hybrid method synergizing two distinct categories of network mechanisms as a two-stage cascaded regression framework. The first stage corresponds to group theory-based network mechanisms with inherent SO(3)-equivariant properties prior to the parameter learning process, while the second stage is characterized by a non-linear 3D graph Transformer network we propose featuring high capability on non-linear expressiveness. The novel combination lies that, the first stage predicts baseline Hamiltonians with abundant SO(3)-equivariant features extracted, assisting the second stage in empirical learning of equivariance; and in turn, the second stage refines the first stage's output as a fine-grained prediction of Hamiltonians using powerful non-linear neural mappings, compensating for the intrinsic weakness on non-linear expressiveness capability of mechanisms in the first stage. Our method enables precise, generalizable predictions while maintaining robust SO(3)-equivariance under rotational transformations, and achieves state-of-the-art performance in Hamiltonian prediction, confirmed through experiments on six crystalline material databases. Our research provides a new technical pathway for high-performance electronic structure calculations of atomic systems, offering powerful technological means for the simulation, design, and discovery of new materials.


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