Matching statistics were introduced to solve the approximate string matching problem, which is a recurrent subroutine in bioinformatics applications. In 2010, Ohlebusch et al. [SPIRE 2010] proposed a time and space efficient algorithm for computing matching statistics which relies on some components of a compressed suffix tree - notably, the longest common prefix (LCP) array. In this paper, we show how their algorithm can be generalized from strings to Wheeler deterministic finite automata. Most importantly, we introduce a notion of LCP array for Wheeler automata, thus establishing a first clear step towards extending (compressed) suffix tree functionalities to labeled graphs.


翻译:引入匹配统计数据是为了解决大致的字符串匹配问题,这是生物信息学应用中经常出现的一个子例程。 2010年,Ohlebusch 等人[SPIRE 2010] 提出了一个时间和空间高效算法,用于计算匹配统计数据,该算法依赖于压缩后缀树的某些组成部分 — — 特别是最长的常见前缀(LCP)阵列。在本文中,我们展示了他们的算法如何从字符串到惠勒确定性有限自动马塔的通用。最重要的是,我们引入了惠勒自动马塔LCP阵列的概念,从而确立了将(压缩的)后缀树功能扩展至标签图形的第一个明确步骤。

0
下载
关闭预览

相关内容

【干货书】工程和科学中的概率和统计,
专知会员服务
57+阅读 · 2022年12月24日
不可错过!《机器学习100讲》课程,UBC Mark Schmidt讲授
专知会员服务
72+阅读 · 2022年6月28日
专知会员服务
50+阅读 · 2020年12月14日
【干货书】机器学习速查手册,135页pdf
专知会员服务
125+阅读 · 2020年11月20日
强化学习最新教程,17页pdf
专知会员服务
174+阅读 · 2019年10月11日
机器学习入门的经验与建议
专知会员服务
92+阅读 · 2019年10月10日
代码推荐 | 轻松实现各种图匹配 Graph matching.
图与推荐
2+阅读 · 2022年10月22日
VCIP 2022 Call for Demos
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年6月6日
征稿 | International Joint Conference on Knowledge Graphs (IJCKG)
开放知识图谱
2+阅读 · 2022年5月20日
ACM MM 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
5+阅读 · 2022年3月29日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2008年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 2023年3月9日
Arxiv
0+阅读 · 2023年3月7日
Arxiv
0+阅读 · 2023年3月7日
VIP会员
相关VIP内容
相关资讯
代码推荐 | 轻松实现各种图匹配 Graph matching.
图与推荐
2+阅读 · 2022年10月22日
VCIP 2022 Call for Demos
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年6月6日
征稿 | International Joint Conference on Knowledge Graphs (IJCKG)
开放知识图谱
2+阅读 · 2022年5月20日
ACM MM 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
5+阅读 · 2022年3月29日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
相关基金
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2008年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员