基于字符模式统计规律关于宏基因组的统计及计算分析研究

项目名称： 基于字符模式统计规律关于宏基因组的统计及计算分析研究

项目编号： No.11371227

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 数理科学和化学

项目作者： 栾贻会

作者单位： 山东大学

项目金额： 50万元

中文摘要： 宏基因组指特定环境 (如人类肠道等)中微生物群落所有物种的基因组，深入研究这些微生物群落的构成情况、相互作用及其变化情况，对于分析环境与基因相互作用对人类健康的影响具有重要的意义。高通量测序技术使得人们研究这些群落内的有机体、推断它们的生化和调控通路成为了可能。本课题的研究目标是发展基于序列特征的统计计算方法用于微生物群落比较，并提供相应的软件包，为人们更好地理解高度复杂的微生物群落提供有效的工具。本项目将研究宏基因组学的以下重要问题：1）发展由多个基因组构成的宏基因组群落中字符模式出现次数的概率分布理论；2）基于字符模式提出新的有效的用于宏基因组群落比较的非序列比对统计量；3）将标签序列和字符模式结合起来，提出宏基因组比较综合方法。此外，我们将得到的相关宏基因组比较理论成果转化为分析算法软件供研究者无偿使用。

中文关键词： 宏基因组；信息短串；模式；隐马氏链；分布逼近

英文摘要： A metagenomics sample refers to all the genomes of a microbial community in the specific environment (such as human intestinal, etc.). It's crucial to understand how environment and genes interact to affect human health. High throughput sequencing techn

英文关键词： Metaenome；Motif；Pattern；Markov chian；Distribution approximation