基于数据整合的计算癌症基因组学研究

项目名称： 基于数据整合的计算癌症基因组学研究

项目编号： No.61379092

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 张世华

作者单位： 中国科学院数学与系统科学研究院

项目金额： 77万元

中文摘要： 癌症是一种复杂的基因疾病，其发生与细胞内的DNA序列以及表观特征的变异有关。但是目前对癌症的致病机理、临床指标和药物敏感性的预测等方面，仍然认识有限。随着"肿瘤基因组计划"等大型工程的进行，海量数据正不断产生，如何有效地分析和利用这些数据，已经成为生物信息学的核心问题。不同层次癌症组学数据的大量积累，使得整合多重数据来更准确地研究癌症相关的基本问题已经成为可能。本项目将利用模式识别、机器学习、最优化、图论等方法,研究如何整合多重不同属性的癌症高通量数据来探讨癌症基因组学领域的四个核心问题：驱动通路识别问题、癌症亚型识别问题及其致病机理的异同分析、癌症临床指标预测及预测效果的评估研究和癌细胞系药物敏感性预测问题。研究重点是，提出合理的数据整合模型和有效的大规模求解算法，揭示相关的生物学机理。本项目的研究不仅可以为生物学家提供可靠的计算方法和高效的软件，而且可以推动计算理论和算法设计等的研究。

中文关键词： 生物信息学；计算生物学；癌症基因组学；数据整合；算法

英文摘要： Cancer is a complex genetic disease and its occurrence is relating to variation of DNA sequence and epigenetic features in cells. However, researchers know few about cancer pathogenesis, prediction of clinical observations and drug sensitivity, etc. As th

英文关键词： Bioinformatics；Computational biology；Cancer genomics；Data integration；Algorithm