一个新的染色质远程相互作用位点精细图谱的鉴定方法

项目名称： 一个新的染色质远程相互作用位点精细图谱的鉴定方法

项目编号： No.31401113

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2014

项目学科： 生物科学

项目作者： 李飞飞

作者单位： 中国科学院北京基因组研究所

项目金额： 26万元

中文摘要： Hi-C技术能在全基因组探测染色质远程相互作用，是目前研究染色质核内空间构型的主要手段之一。但受到酶切位点密度及测序深度的限制，现在Hi-C的分辨率最高只能达到10kb，不足以确定特定调控元件与基因之间的相互作用，制约了染色质空间结构及转录调控的深入研究。因此亟待开发新的精确鉴定染色质远程相互作用位点的方法。本课题计划通过建立检测核小体在基因组上特定分布模式的统计模型，并整合Hi-C数据开发机器学习识别算法，以鉴定出参与远程相互作用的精细位点。由核小体分布特征出发，预计最终鉴定的染色质远程相互作用位点分辨率会相对Hi-C数据提高10倍以上。为验证上述方法鉴定的相互作用精细位点的准确性，我们利用最新的基因组编辑工具CRISPR-Cas9结合3C从正反两方面进行检验。另外，本课题还将对TNF-α刺激后的IMR90细胞进行MNase测序，初步探讨精细远程相互作用的功能，阐明其与基因表达的关系。

中文关键词： 三维基因组；染色质相互作用；Hi-C；核小体定位；染色质构象捕获

英文摘要： Hi-C technology, which can detect genome-wide chromatin interactions, is one of major means for the study of chromatin folding. Due to the density of restriction sites and sequencing depth, the resolution of Hi-C can so far only reach 10kb. This resolutio

英文关键词： 3D genome；chromosomal interactions；Hi-C；nucleosome positioning；chromosome conformation capture