蛋白质-蛋白质相互作用网络的时空动态分解研究- - 以酵母基因组为例

项目名称： 蛋白质-蛋白质相互作用网络的时空动态分解研究- - 以酵母基因组为例

项目编号： No.31200625

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 生物科学

项目作者： 吴晓梅

作者单位： 杭州师范大学

项目金额： 20万元

中文摘要： 通过各种实验和计算手段，人们已经在基因组水平上重构出细胞内复杂的蛋白质-蛋白质相互作用网络。这些网络是聚集的，即时空上动态的生物学过程在平面上的静态映射。而生命过程是动态的，只有在时间和空间上对相互作用网络进行动态分解才更能发挥网络的理论和应用价值。通过整合基因表达信息，申请者已经实现酵母基因组蛋白质相互作用网络在时间上的动态分解。在本申请书中，我们将加入亚细胞定位信息，在时间和空间两种尺度上对聚集的酵母网络进行动态分解并实现可视化。我们从网络的全局拓扑、结点（蛋白质）、边（两两蛋白互作）、网络模块（蛋白质复合体）、互作位点（结构域或短的肽段模体之间）多个层面，分析相互作用网络在各个时空点所表现出来的动态特性。通过该课题的研究，我们希望从分子和网络的水平进一步探讨这些网络的动态特性所蕴含的生物学功能。

中文关键词： 蛋白互作；动态分解；Gene Ontology；语义相似性；信号通路

英文摘要： Most of the genome-scale protein-protein interactions, constructed by either experimental or computational methods, are aggregated and ignore the dynamics of interactions during different time series and in different cellular localizations. However, biolo

英文关键词： protein-protein interaction；dynamic decomposition；Gene Ontology；semantic similarity；signaling pathway