We develop a sparse hierarchical $hp$-finite element method ($hp$-FEM) for the Helmholtz equation with rotationally invariant variable coefficients posed on a two-dimensional disk or annulus. The mesh is an inner disk cell (omitted if on an annulus domain) and concentric annuli cells. The discretization preserves the Fourier mode decoupling of rotationally invariant operators, such as the Laplacian, which manifests as block diagonal mass and stiffness matrices. Moreover, the matrices have a sparsity pattern independent of the order of the discretization and admit an optimal complexity factorization. The sparse $hp$-FEM can handle radial discontinuities in the right-hand side and in rotationally invariant Helmholtz coefficients. We consider examples such as a high-frequency Helmholtz equation with radial discontinuities, the time-dependent Schr\"odinger equation, and an extension to a three-dimensional cylinder domain, with a quasi-optimal solve, via the Alternating Direction Implicit (ADI) algorithm.


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