DNA与蛋白质作用的全基因组分析

项目名称： DNA与蛋白质作用的全基因组分析

项目编号： No.30973375

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2010

项目学科： 医药、卫生

项目作者： 陆祖宏

作者单位： 东南大学

项目金额： 33万元

中文摘要： 新一代DNA测序技术的出现给在全基因组水平上开展DNA和蛋白质相互作用的研究带来了重大的机遇。本项目旨在发展基于新一代高通量DNA测序技术的DNA和蛋白质相互作用的研究平台，使之能够在全基因组水平上进行特定组织和细胞中转录因子等DNA结合位点的检测，以及开展相关基因表达调控网络的研究。针对目前新一代测序技术存在的样品需求量大、成本偏高、测序文库的制备存在一定偏性等问题，本项目将应用纳米纤维材料、生物编码技术以及滚环扩增技术等方法，争取发展一个能够针对微量样本（10纳克级DNA）、成本较低的新一代DNA测序平台，用于DNA与蛋白质相互作用的全基因组检测，并发展相应的生物信息学分析方法，开展基于DNA和蛋白质相互作用的基因表达调控网络分析和研究，针对至少10类重要的转录因子，研究其在5种肿瘤相关的细胞系、或肿瘤组织、或相关的干细胞等体系中DNA和蛋白质的相互作用和基因调控网络。

中文关键词： ChIP-Seq；MeDIP-Seq；K562细胞系；基因调控；DNA甲基化

英文摘要：

英文关键词： ChIP-Seq；MeDIP-Seq；K562 cell line；Gene regulation；DNA methylatiion