Local interactions among biomolecules, and the role played by their environment, have gained increasing attention in modelling biochemical reactions. By defining the automaton of molecular perceptions, we explore an agent-based representation of the behaviour of biomolecules in living cells. Our approach considers the capability of a molecule to perceive its surroundings a key property of bimolecular interactions, which we investigate from a theoretical perspective. Graph-based reaction systems are then leveraged to abstract enzyme regulation as a result of the influence exerted by the environment on a catalysed reaction. By combining these methods, we aim at overcoming some limitations of current kinetic models, which do not take into account local molecular interactions and the way they are affected by the reaction environment.


翻译:生物分子之间的局部相互作用及其环境的作用,在生物化学反应模型中日益受到重视。我们通过界定分子认知的自动图解,探索生物分子在生物细胞中的行为的代理代表。我们的方法认为分子能够从理论角度研究其周围的生物分子相互作用的关键特性。然后,由于环境对催化反应的影响,以图表为基础的反应系统被利用来进行抽象酶调节。我们将这些方法结合起来的目的是克服当前动能模型的一些局限性,这些模型没有考虑到当地的分子相互作用以及它们受到反应环境影响的方式。

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