Construction of a scaffold structure that supports a desired motif, conferring protein function, shows promise for the design of vaccines and enzymes. But a general solution to this motif-scaffolding problem remains open. Current machine-learning techniques for scaffold design are either limited to unrealistically small scaffolds (up to length 20) or struggle to produce multiple diverse scaffolds. We propose to learn a distribution over diverse and longer protein backbone structures via an E(3)-equivariant graph neural network. We develop SMCDiff to efficiently sample scaffolds from this distribution conditioned on a given motif; our algorithm is the first to theoretically guarantee conditional samples from a diffusion model in the large-compute limit. We evaluate our designed backbones by how well they align with AlphaFold2-predicted structures. We show that our method can (1) sample scaffolds up to 80 residues and (2) achieve structurally diverse scaffolds for a fixed motif.


翻译:建造支持理想的模子、 赋予蛋白质功能的脚手架结构, 展示出设计疫苗和酶的希望。 但是, 对这个模子- 脚手架问题的一般解决方案仍然开放。 目前脚手架设计的机器学习技术要么局限于不切实际的小型脚架( 最长为20长), 要么 努力生产多种不同的脚架。 我们提议通过 E(3) 等离子式图形神经网络, 学习不同和更长蛋白质骨架结构的分布。 我们开发了 SMCDiff, 以便高效地从这种配方中提取以给定的模件为条件的样本; 我们的算法是首先从理论上保证有条件的样本来自大构件极限的传播模型。 我们用它们与阿尔法Fold2- 2- 预设结构的精确度来评估我们设计的骨架。 我们显示我们的方法可以(1) 样板脚架到80个残渣, 并且(2) 实现固定的模结构多样化的脚架。

1
下载
关闭预览

相关内容

【硬核书】树与网络上的概率,716页pdf
专知会员服务
71+阅读 · 2021年12月8日
【干货书】真实机器学习,264页pdf,Real-World Machine Learning
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
151+阅读 · 2019年10月12日
强化学习最新教程,17页pdf
专知会员服务
174+阅读 · 2019年10月11日
[综述]深度学习下的场景文本检测与识别
专知会员服务
77+阅读 · 2019年10月10日
【SIGGRAPH2019】TensorFlow 2.0深度学习计算机图形学应用
专知会员服务
39+阅读 · 2019年10月9日
VCIP 2022 Call for Special Session Proposals
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年4月1日
IEEE ICKG 2022: Call for Papers
机器学习与推荐算法
3+阅读 · 2022年3月30日
ACM MM 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
5+阅读 · 2022年3月29日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium1
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月3日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 2022年7月25日
Arxiv
49+阅读 · 2021年5月9日
VIP会员
相关资讯
VCIP 2022 Call for Special Session Proposals
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年4月1日
IEEE ICKG 2022: Call for Papers
机器学习与推荐算法
3+阅读 · 2022年3月30日
ACM MM 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
5+阅读 · 2022年3月29日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium1
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月3日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员