Molecular representation learning is fundamental for many drug related applications. Most existing molecular pre-training models are limited in using single molecular modality, either SMILES or graph representation. To effectively leverage both modalities, we argue that it is critical to capture the fine-grained 'semantics' between SMILES and graph, because subtle sequence/graph differences may lead to contrary molecular properties. In this paper, we propose a universal SMILE-graph representation learning model, namely UniMAP. Firstly, an embedding layer is employed to obtain the token and node/edge representation in SMILES and graph, respectively. A multi-layer Transformer is then utilized to conduct deep cross-modality fusion. Specially, four kinds of pre-training tasks are designed for UniMAP, including Multi-Level Cross-Modality Masking (CMM), SMILES-Graph Matching (SGM), Fragment-Level Alignment (FLA), and Domain Knowledge Learning (DKL). In this way, both global (i.e. SGM and DKL) and local (i.e. CMM and FLA) alignments are integrated to achieve comprehensive cross-modality fusion. We evaluate UniMAP on various downstream tasks, i.e. molecular property prediction, drug-target affinity prediction and drug-drug interaction. Experimental results show that UniMAP outperforms current state-of-the-art pre-training methods.We also visualize the learned representations to demonstrate the effect of multi-modality integration.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

FlowQA: Grasping Flow in History for Conversational Machine Comprehension
专知会员服务
28+阅读 · 2019年10月18日
Stabilizing Transformers for Reinforcement Learning
专知会员服务
59+阅读 · 2019年10月17日
《DeepGCNs: Making GCNs Go as Deep as CNNs》
专知会员服务
30+阅读 · 2019年10月17日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
151+阅读 · 2019年10月12日
【SIGGRAPH2019】TensorFlow 2.0深度学习计算机图形学应用
专知会员服务
39+阅读 · 2019年10月9日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
meta learning 17年:MAML SNAIL
CreateAMind
11+阅读 · 2019年1月2日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
14+阅读 · 2018年5月29日
Hierarchical Imitation - Reinforcement Learning
CreateAMind
19+阅读 · 2018年5月25日
Focal Loss for Dense Object Detection
统计学习与视觉计算组
11+阅读 · 2018年3月15日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
国家自然科学基金
10+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2014年12月31日
Arxiv
13+阅读 · 2021年10月9日
Arxiv
14+阅读 · 2021年8月5日
Arxiv
10+阅读 · 2021年3月30日
Arxiv
35+阅读 · 2021年1月27日
Arxiv
15+阅读 · 2020年2月6日
Deep Face Recognition: A Survey
Arxiv
18+阅读 · 2019年2月12日
Knowledge Representation Learning: A Quantitative Review
VIP会员
相关资讯
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
meta learning 17年:MAML SNAIL
CreateAMind
11+阅读 · 2019年1月2日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
14+阅读 · 2018年5月29日
Hierarchical Imitation - Reinforcement Learning
CreateAMind
19+阅读 · 2018年5月25日
Focal Loss for Dense Object Detection
统计学习与视觉计算组
11+阅读 · 2018年3月15日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
相关论文
Arxiv
13+阅读 · 2021年10月9日
Arxiv
14+阅读 · 2021年8月5日
Arxiv
10+阅读 · 2021年3月30日
Arxiv
35+阅读 · 2021年1月27日
Arxiv
15+阅读 · 2020年2月6日
Deep Face Recognition: A Survey
Arxiv
18+阅读 · 2019年2月12日
Knowledge Representation Learning: A Quantitative Review
相关基金
国家自然科学基金
10+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员