六足动物线粒体rRNA经验进化模型的建立及系统发育分析应用

项目名称： 六足动物线粒体rRNA经验进化模型的建立及系统发育分析应用

项目编号： No.31201711

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 生物科学

项目作者： 刘念

作者单位： 陕西师范大学

项目金额： 23万元

中文摘要： 线粒体rRNA是分子系统发育研究中最为常用的分子标记之一。由于rRNA二级结构茎区配对的碱基间存在协同进化关系，违背了一些基于马尔科夫链为基础的进化模型假设，造成基于线粒体rRNA序列所构建的系统发育关系可信度较差。本项目在测定30余种六足动物线粒体两种rRNA全长序列和采用RACE技术确定3-5种线粒体rRNA基因准确的起始和终止位点的基础上，对230多条六足纲的rRNA序列采用多种比对策略和方法进行准确比对，在此基础上建立六足动物线粒体rRNA二级结构模型，对于给定范围的序列分歧，采用氨基酸经验模型估计方法计算序列之间替换频率矩阵，以估计每个窗口中的实际进化距离并用于估计瞬时速率矩阵，由此获得六足动物线粒体12S和16S rRNA序列的经验进化模型，将其应用于重建节肢动物主要类群的系统发育关系并评价其有效性。项目对于研究RNA序列的进化及系统发育应用有重要的意义。

中文关键词： 线粒体核糖体亚基；协同进化；经验模型；系统发育；六足动物

英文摘要： The mitochondrial ribosomal RNA genes are one of the most frequently used molecular markers in phylogenetic analyses. Paired regions in rRNA molecular evolve via selectively neutral substitutions in the form of compensatory mutations to maintain energetic

英文关键词： Mitochondrial rRNA；coevolution；empirical model；phylogeny；Hexapoda