多样本核小体动态定位识别

项目名称： 多样本核小体动态定位识别

项目编号： No.31371339

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 生物科学

项目作者： 刘宏德

作者单位： 东南大学

项目金额： 60万元

中文摘要： 核小体定位通过遮蔽DNA上蛋白结合位点参与基因转录调节，定位随细胞类型和环境不同而动态变化，识别这种动态是解析细胞表观调节机制的重要研究内容。核小体动态定位分析需要比较多样本信息，高通量测序技术为解决此问题提供了可能；而在计算层面，迫切需要开发识别核小体动态的算法和工具。遗憾的是，目前，尚未有针对多样本(n≥3)的核小体动态分析的方法。本项目拟针对多样本核小体定位分析，基于隐马尔科夫模型(HMM)，通过定位信号的等级划分、HMM解码、动态区域识别，显著性计算、动态类型分析等过程，实现核小体动态定位区域的准确识别；建成相应的软件工具；并将其应用于癌细胞核小体动态分析和酵母组蛋白变体Htz1组装的分析中。申请者近年一直从事核小体动态相关研究，在数据、方法和技术上有良好基础。项目完成后，将为解析核小体表观遗传调节问题提供计算支持；项目的方法可移植到其它表观基因组动态分析中。

中文关键词： 核小体动态；多细胞类型；突变；隐马尔科夫模型；卡方检验

英文摘要： Nucleosome positioning has role in gene regulation through blocking the DNA sites at which proteins bind. The positioning is dynamic with the cell line type and the cellular environment. Identifying the dynamics is very important in resolving epigenetic r

英文关键词： Nucleosome dynamics；Multiple cell types；mutation；Hidden Markov Model；Chi-Square test