基于多相似度融合的非编码RNA结构比对和分类识别

项目名称： 基于多相似度融合的非编码RNA结构比对和分类识别

项目编号： No.61173117

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 计算机科学学科

项目作者： 刘琦

作者单位： 同济大学

项目金额： 55万元

中文摘要： 非编码RNA 结构和功能的研究是分子生物学研究的热点问题之一。通过计算手段对于非编码RNA 的二级结构进行比对以及分类识别，是进行非编码RNA 功能分析的研究基础。在深入研究非编码RNA 二级结构特点的基础上，本项目将提出一种基于多相似度融合的非编码RNA二级结构比对和分类识别的计算模型。从非编码RNA结构比对的"alignment-based","semi-alignment-based"以及"alignment-free"三个层面出发，进行全面有效的相似度刻画。在此基础上，结合机器学习算法，针对于后续进行的不同识别方式(分类，聚类，排序)设计不同的相似度融合方法。以Rfam数据库所含有的已知类别的非编码RNA分子为数据集，进行模型的训练，优化以及测试，形成自动化的软件平台，从而为高通量的小RNA分子数据处理，基因组层面的小RNA识别，以及后续的结构和功能分析提供有效的计算支持。

中文关键词： 非编码RNA；结构比对；相似度；数据融合；小RNA设计

英文摘要：

英文关键词： ncRNA；structure alignment；similarity；data integration；small RNA design