项目名称: 癌症基因组中关键驱动突变信号通路的理论问题研究及算法设计

项目编号: No.31571354

项目类型: 面上项目

立项/批准年度: 2015

项目学科: 生物科学

项目作者: 李国君

作者单位: 山东大学

项目金额: 25万元

中文摘要: 新一代测序技术使得我们可用计算机在众多癌症患者中预测那些与癌症发生发展密切相关的体细胞突变,称驱动突变。然而,更多的体细胞突变与癌症的发生发展没有关系,这类体细胞突变被称为随机突变。我们面临的挑战问题是:如何从随机突变中通过高性能计算识别与癌症密切相关的驱动突变?预测驱动突变的常规方法是寻找在大量癌症基因组中突变频繁的基因。人们发现驱动突变会同时干扰多个信号通路,这对上述常规方法提出了严峻的挑战。所以,每个癌症患者可能会有不同的突变组合都足以干扰这些信号通路。这种突变的异质性对传统上仅从突变发生的频率预测其驱动突变提出了疑问。我们将利用覆盖率和互斥性这两个组合性质来研究识别驱动信号通路的方法。本项目研究癌症患者体细胞突变的内在机制,探索其理论问题,设计快速有效的算法及软件预测体细胞突变数据中的驱动突变及驱动突变信号通路,并运用我们的算法和软件对各类癌症患者的体细胞突变数据进行分析。

中文关键词: 致癌驱动基因;致癌驱动模块;随机突变基因;驱动信号通路;算法

英文摘要: Next-generation DNA sequencing technologies are enabling genome-wide discovery of somatic mutations which are highly related to cancer development that are called driver mutations. However, most mutations involved in sequencing data are not related to can

英文关键词: cancer driver gene;cancer driver module;passenger gene;driver pathway;algorithm

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