整合RNA-Seq分析的植物基因组注释系统研究- - 以黄瓜属近缘基因组进化分析为例

项目名称： 整合RNA-Seq分析的植物基因组注释系统研究- - 以黄瓜属近缘基因组进化分析为例

项目编号： No.31171235

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 遗传学与生物信息学、细胞生物学

项目作者： 林魁

作者单位： 北京师范大学

项目金额： 60万元

中文摘要： 基因组注释是转化基因组序列信息成为生物学知识的桥梁，而如何快速、准确地转化这些序列信息，将是生物信息学面临的重要挑战之一。本研究将把三个已测序黄瓜基因组（一个野生亚种和两个栽培亚种）作为研究对象，首先把RNA-Seq分析有机地整合到我们已有的植物基因组注释平台中，建立好统一的基因组特征（genomic features）分类标准，对这三个基因组进行注释或重注释，以提高其注释的质量。然后利用甜瓜基因组为外类群，开发一个整合多种基因组特征为一体的共线性比较算法，展开黄瓜属近缘基因组间的比较与进化研究，仔细探讨黄瓜基因组架构（genome architecture）的组织和进化机理，希望鉴定出受到（人工）选择作用的潜在的基因集或相关的基因关联模块。通过本研究建立起对应的基因组数据库以及高效的可视化系统，为将来的黄瓜分子育种研究提供相关的理论支持和扎实的基因组资源。

中文关键词： 基因组注释；葫芦科；近缘基因组；比较基因组学；层次型

英文摘要：

英文关键词： Genome annotation；Cucurbitaceae；closely related genomes；comparative genomics；hierarchical