Predicting drug side-effects before they occur is a key task in keeping the number of drug-related hospitalizations low and to improve drug discovery processes. Automatic predictors of side-effects generally are not able to process the structure of the drug, resulting in a loss of information. Graph neural networks have seen great success in recent years, thanks to their ability of exploiting the information conveyed by the graph structure and labels. These models have been used in a wide variety of biological applications, among which the prediction of drug side-effects on a large knowledge graph. Exploiting the molecular graph encoding the structure of the drug represents a novel approach, in which the problem is formulated as a multi-class multi-label graph-focused classification. We developed a methodology to carry out this task, using recurrent Graph Neural Networks, and building a dataset from freely accessible and well established data sources. The results show that our method has an improved classification capability, under many parameters and metrics, with respect to previously available predictors.


翻译:在药物住院治疗数量少和改善药物发现过程方面,一项关键任务是在出现药物前预测药物副作用。副作用的自动预测器一般无法处理药物的结构,从而导致信息丢失。图表神经网络近年来由于能够利用图形结构和标签传递的信息,取得了巨大成功。这些模型被用于各种各样的生物应用,其中包括在大型知识图上预测药物副作用。利用分子图将药物的结构编码是一种新颖的方法,其中将问题表述为多级多标签图表分类。我们开发了一种方法,利用经常性的图形神经网络来完成这项任务,并且从可自由获取和公认的数据源中建立数据集。结果显示,我们的方法在很多参数和指标下,在以前的预测器方面提高了分类能力。

0
下载
关闭预览

相关内容

Linux导论,Introduction to Linux,96页ppt
专知会员服务
75+阅读 · 2020年7月26日
强化学习最新教程,17页pdf
专知会员服务
166+阅读 · 2019年10月11日
【哈佛大学商学院课程Fall 2019】机器学习可解释性
专知会员服务
96+阅读 · 2019年10月9日
【SIGGRAPH2019】TensorFlow 2.0深度学习计算机图形学应用
专知会员服务
39+阅读 · 2019年10月9日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium6
中国图象图形学学会CSIG
2+阅读 · 2021年11月12日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium3
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月9日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium1
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月3日
【ICIG2021】Latest News & Announcements of the Plenary Talk2
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月2日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
23+阅读 · 2019年5月22日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
41+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
15+阅读 · 2018年12月24日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2008年12月31日
Arxiv
21+阅读 · 2022年2月24日
Arxiv
12+阅读 · 2021年7月26日
Arxiv
38+阅读 · 2020年3月10日
Arxiv
26+阅读 · 2018年2月27日
VIP会员
相关资讯
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium6
中国图象图形学学会CSIG
2+阅读 · 2021年11月12日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium3
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月9日
【ICIG2021】Check out the hot new trailer of ICIG2021 Symposium1
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月3日
【ICIG2021】Latest News & Announcements of the Plenary Talk2
中国图象图形学学会CSIG
0+阅读 · 2021年11月2日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
23+阅读 · 2019年5月22日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
41+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
15+阅读 · 2018年12月24日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2008年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员