Machine learning (ML) is set to accelerate innovations in clinical microbiomics, such as in disease diagnostics and prognostics. This will require high-quality, reproducible, interpretable workflows whose predictive capabilities meet or exceed the high thresholds set for clinical tools by regulatory agencies. Here, we capture a snapshot of current practices in the application of supervised ML to microbiomics data, through an in-depth analysis of 100 peer-reviewed journal articles published in 2021-2022. We apply a data-driven approach to steer discussion of the merits of varied approaches to experimental design, including key considerations such as how to mitigate the effects of small dataset size while avoiding data leakage. We further provide guidance on how to avoid common experimental design pitfalls that can hurt model performance, trustworthiness, and reproducibility. Discussion is accompanied by an interactive online tutorial that demonstrates foundational principles of ML experimental design, tailored to the microbiomics community. Formalizing community best practices for supervised ML in microbiomics is an important step towards improving the success and efficiency of clinical research, to the benefit of patients and other stakeholders.


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机器学习(Machine Learning)是一个研究计算学习方法的国际论坛。该杂志发表文章,报告广泛的学习方法应用于各种学习问题的实质性结果。该杂志的特色论文描述研究的问题和方法,应用研究和研究方法的问题。有关学习问题或方法的论文通过实证研究、理论分析或与心理现象的比较提供了坚实的支持。应用论文展示了如何应用学习方法来解决重要的应用问题。研究方法论文改进了机器学习的研究方法。所有的论文都以其他研究人员可以验证或复制的方式描述了支持证据。论文还详细说明了学习的组成部分,并讨论了关于知识表示和性能任务的假设。 官网地址:http://dblp.uni-trier.de/db/journals/ml/
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