Artificial intelligence (AI) has been widely applied in drug discovery with a major task as molecular property prediction. Despite the boom of AI techniques in molecular representation learning, some key aspects underlying molecular property prediction haven't been carefully examined yet. In this study, we conducted a systematic comparison on three representative models, random forest, MolBERT and GROVER, which utilize three major molecular representations, extended-connectivity fingerprints, SMILES strings and molecular graphs, respectively. Notably, MolBERT and GROVER, are pretrained on large-scale unlabelled molecule corpuses in a self-supervised manner. In addition to the commonly used MoleculeNet benchmark datasets, we also assembled a suite of opioids-related datasets for downstream prediction evaluation. We first conducted dataset profiling on label distribution and structural analyses; we also examined the activity cliffs issue in the opioids-related datasets. Then, we trained 4,320 predictive models and evaluated the usefulness of the learned representations. Furthermore, we explored into the model evaluation by studying the effect of statistical tests, evaluation metrics and task settings. Finally, we dissected the chemical space generalization into inter-scaffold and intra-scaffold generalization and measured prediction performance to evaluate model generalizbility under both settings. By taking this respite, we reflected on the key aspects underlying molecular property prediction, the awareness of which can, hopefully, bring better AI techniques in this field.


翻译:人工智能(AI)在药物发现中广泛应用,主要任务是分子属性预测。尽管AI技术在分子代表性学习中涌现,但分子属性预测的一些关键方面尚未得到仔细研究。在本研究中,我们对三种具有代表性的模式,即随机森林、摩尔贝特和GROVER进行了系统比较,这三个模型分别使用三种主要的分子表示、延伸连接指纹、SMILES字符串和分子图。特别是MolBERT和GROVER, 以自我监督的方式对大规模未加标签的分子体进行了培训。除了常用的分子间网络基准数据集之外,我们还为下游预测评估收集了一组与类阿片有关的数据集。我们首先对标签分布和结构分析进行了数据集分析;我们还审查了类阿片相关数据集中的活动悬崖问题。然后,我们培训了4,320个反映模型的预测模型,并评估了所了解的表述的效用。此外,我们通过研究统计测试的效果、评价指标和任务间基准数据集,我们从总体预测的角度,将这种总体预测结果分解了总体预测,然后,我们从总体预测,从总体预测到总体预测,从总体预测的角度,从总体预测到总体预测,从中得出了这种预测。

0
下载
关闭预览

相关内容

【干货书】真实机器学习,264页pdf,Real-World Machine Learning
Stabilizing Transformers for Reinforcement Learning
专知会员服务
58+阅读 · 2019年10月17日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
151+阅读 · 2019年10月12日
强化学习最新教程,17页pdf
专知会员服务
174+阅读 · 2019年10月11日
[综述]深度学习下的场景文本检测与识别
专知会员服务
77+阅读 · 2019年10月10日
【SIGGRAPH2019】TensorFlow 2.0深度学习计算机图形学应用
专知会员服务
39+阅读 · 2019年10月9日
VCIP 2022 Call for Special Session Proposals
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年4月1日
IEEE ICKG 2022: Call for Papers
机器学习与推荐算法
3+阅读 · 2022年3月30日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
【论文】图上的表示学习综述
机器学习研究会
14+阅读 · 2017年9月24日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 2022年11月2日
Arxiv
23+阅读 · 2022年2月24日
Arxiv
12+阅读 · 2021年7月26日
Learning from Few Samples: A Survey
Arxiv
77+阅读 · 2020年7月30日
Financial Time Series Representation Learning
Arxiv
10+阅读 · 2020年3月27日
Arxiv
14+阅读 · 2019年9月11日
VIP会员
相关资讯
VCIP 2022 Call for Special Session Proposals
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年4月1日
IEEE ICKG 2022: Call for Papers
机器学习与推荐算法
3+阅读 · 2022年3月30日
AIART 2022 Call for Papers
CCF多媒体专委会
1+阅读 · 2022年2月13日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
42+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
【论文】图上的表示学习综述
机器学习研究会
14+阅读 · 2017年9月24日
相关论文
Arxiv
0+阅读 · 2022年11月2日
Arxiv
23+阅读 · 2022年2月24日
Arxiv
12+阅读 · 2021年7月26日
Learning from Few Samples: A Survey
Arxiv
77+阅读 · 2020年7月30日
Financial Time Series Representation Learning
Arxiv
10+阅读 · 2020年3月27日
Arxiv
14+阅读 · 2019年9月11日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员