大豆的全基因组规模代谢网络重构

项目名称： 大豆的全基因组规模代谢网络重构

项目编号： No.61373050

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 时小虎

作者单位： 吉林大学

项目金额： 76万元

中文摘要： 本项目拟采用功能注释和模板同源映射等方法构建大豆的全基因组规模代谢网络，基于复杂网络理论对代谢网络的动力学性质进行分析，并利用所构建的基因组规模代谢网络进行大豆的实用性分析。首先运用网络爬行和半监督机器学习文本挖掘技术进行文献挖掘和数据融合，采用基因组注释方法构建初始的代谢网络模板，并采用模板映射方法将其他物种代谢通路映射到大豆物种上。进一步采用流量平衡分析方法和复杂网络理论构造和剖析代谢网络的数学模型，使得模拟的结果更准确。最后采用机器学习方法对所构建的代谢网络进行评估与修正。还将利用所构建的全基因组规模代谢网络，对大豆的油料产出、营养物含量及产量等方面进行实用性分析。本项目将开发若干有关代谢网络建模与分析的新算法，并尝试复杂物种全基因组规模通路的构建与分析。提出了构建大豆全基因组层面的代谢网络图，将为大豆产业带来前瞻性和深远的影响，并为其它作物的基因工程提供指导性建议和参考范例。

中文关键词： 大豆基因组；代谢网络；社区划分；RNA二级结构比较；富集分析

英文摘要： In this project, we are going to construct soybean genome-scale metabolic network based on genome annotation and template interolog mapping and analyze the kinetic properties of metabolic network based on complex network theory. Then, using the proposed s

英文关键词： soybean genomics；metabolic networks；community detection；RNA secondary structure comparison；enrichment analysis