基于高通量测序的DNA甲基化分析软件的开发及其在卵巢癌中的应用

项目名称： 基于高通量测序的DNA甲基化分析软件的开发及其在卵巢癌中的应用

项目编号： No.31171236

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 遗传学与生物信息学、细胞生物学

项目作者： 吴金雨

作者单位： 温州医科大学

项目金额： 60万元

中文摘要： 本项目拟研发一套基于新一代高通量DNA甲基化测序的整合分析软件，实现：1）大规模测序短序列到参照基因组的高效比对定位；2）DNA甲基化位点的定量确定；3）不同功能区间/不同染色体/不同甲基化模式下甲基化水平定量检测；4）多样本之间差异甲基化区域的挖掘并进行深入功能注释；5）各功能模块和结果的可视化。该软件将为DNA甲基化组测序数据的有效分析提供软件保障和工具支持。此外，本项目还将利用已经获得的T29（卵巢上皮细胞）和T29H（卵巢癌上皮细胞）的甲基化组数据，测试、验证和优化开发的整合分析软件。同时，利用开发的整合分析软件在碱基水平绘制出T29-T29H全基因组DNA甲基化图谱。通过对比T29-T29H差异的DNA甲基化区域及对相关功能基因的影响，筛选一批与T29H发生癌变相关的特异甲基化区域，为进一步研究卵巢癌细胞发病的表观遗传机理及卵巢癌的临床治疗提供有力的科学依据和方案。

中文关键词： DNA甲基化测序；RRBS-Analyzer；Bycom；表观遗传学；卵巢癌细胞系T29-T29h

英文摘要：

英文关键词： bisulfite sequencing；RRBS-Analyzer；Bycom；epigenetics；ovarian cancer T29-T29h