项目名称: 基于高通量测序数据的长非编码RNA调控网络及在癌症中的应用

项目编号: No.31371320

项目类型: 面上项目

立项/批准年度: 2013

项目学科: 生物科学

项目作者: 赵屹

作者单位: 中国科学院计算技术研究所

项目金额: 60万元

中文摘要: 长非编码RNA是近年来发现的一类数目众多且具有调控功能的分子,能够直接或间接调节众多原癌或抑癌基因的表达,其调控紊乱与癌症密切相关。然而,目前对其调控模式的研究大都过于片面,对其缺乏全面、系统地认识,且由于缺乏相关数据指导其在癌症中的调控方式研究困难较大。本项目借助前列腺癌、肝癌、脑垂体瘤及对应正常组织的高通量测序数据(包括polyA+测序、polyA-测序及小RNA测序数据)以及公共数据,针对长非编码RNA主要的调控模式,包括顺式调控、反式调控、竞争性调控模式以及转录因子对其进行的调控,以多元分子的共表达网络为背景,利用系统生物学的观点及方法构建长非编码RNA调控网络。我们通过将调控网络与三类肿瘤的数据相结合,对各肿瘤特异的及肿瘤间共同存在的以长非编码RNA为核心的关键调控模块进行系统分析,为深入理解长非编码RNA在肿瘤中的调控模式提供基础也为实验机制研究提供全面、可靠的资源。

中文关键词: 长非编码RNA;癌症;调控网络;功能机制;高通量测序

英文摘要: Long non-coding RNA, a kind of RNA with regulation, have been paid a great attention recently. They can regulate numerous oncogenic and tumor-suppressor genes and play important roles in key cancer pathways. However, the analysis on their regulation is to

英文关键词: long non-coding RNA;cancer;regulatory network;functional mechanism;next generation sequencing

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