带假结的RNA二级结构预测新方法及其针对流感病毒的反向遗传学应用研究

项目名称： 带假结的RNA二级结构预测新方法及其针对流感病毒的反向遗传学应用研究

项目编号： No.60971089

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2010

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 刘元宁

作者单位： 吉林大学

项目金额： 30万元

中文摘要： RNA不同于DNA和蛋白质，既可携带遗传信息，又可作为功能分子，而RNA功能与其结构密切相关，因此，研究RNA的二级结构可揭示RNA在生命过程中的进化规律，对推进人类后基因组计划和医学生物学的发展具有重要意义。但由于RNA分子降解速度快，通过生物试验方法测定RNA结构相当困难，借助于计算机及其算法预测其结构成为一种公认的有效方法。假结在RNA的二级结构以及RNA的功能活性中起着重要作用，预测带假结的RNA二级结构是极为重要的理论与技术难题。目前很多RNA二级结构预测的基础是最小自由能算法，其不足是不能预测假结，而其它可预测带假结的RNA二级结构的算法存在时间复杂度高、序列最大长度受到限制等问题，制约了算法的应用。为此，本项目拟建立带假结的RNA二级结构预测的一般方法，解决预测算法实用化的关键技术难题，并将结果用于流感病毒基因反向遗传操作分子设计，具有较高的学术与应用价值。

中文关键词： RNA二级结构；假结；隐马尔可夫模型；平衡能；反向遗传

英文摘要：

英文关键词： RNA secondary tructure；Pseudoknot；Hidden Markov Model；Balance energy；Reverse genetic