为什么聚类技术依然是数据挖掘届的泰山北斗?

2020 年 4 月 26 日 AINLP

一、什么是聚类

1.1 聚类的定义

聚类(Clustering)是按照某个特定标准(如距离)把一个数据集分割成不同的类或簇,使得同一个簇内的数据对象的相似性尽可能大,同时不在同一个簇中的数据对象的差异性也尽可能地大。也即聚类后同一类的数据尽可能聚集到一起,不同类数据尽量分离。

1.2 聚类和分类的区别

  • 聚类(Clustering):是指把相似的数据划分到一起,具体划分的时候并不关心这一类的标签,目标就是把相似的数据聚合到一起,聚类是一种 无监督学习(Unsupervised Learning)方法。
  • 分类(Classification):是把不同的数据划分开,其过程是通过训练数据集获得一个分类器,再通过分类器去预测未知数据,分类是一种 监督学习(Supervised Learning)方法。

1.3 聚类的一般过程

  1. 数据准备:特征标准化和降维
  2. 特征选择:从最初的特征中选择最有效的特征,并将其存储在向量中
  3. 特征提取:通过对选择的特征进行转换形成新的突出特征
  4. 聚类:基于某种距离函数进行相似度度量,获取簇
  5. 聚类结果评估:分析聚类结果,如 距离误差和(SSE)

1.4 数据对象间的相似度度量

对于数值型数据,可以使用下表中的相似度度量方法。

Minkowski距离就是 范数( ),而 Manhattan 距离、Euclidean距离、Chebyshev距离分别对应  时的情形。

1.5 cluster之间的相似度度量

除了需要衡量对象之间的距离之外,有些聚类算法(如层次聚类)还需要衡量cluster之间的距离 ,假设  为两个 cluster,则前四种方法定义的  和   之间的距离如下表所示:

  • Single-link定义两个 cluster之间的距离为两个 cluster之间距离最近的两个点之间的距离,这种方法会在聚类的过程中产生 链式效应,即有可能会出现非常大的 cluster
  • Complete-link定义的是两个 cluster之间的距离为两个``cluster 之间距离最远的两个点之间的距离,这种方法可以避免链式效应`,对异常样本点(不符合数据集的整体分布的噪声点)却非常敏感,容易产生不合理的聚类
  • UPGMA正好是 Single-linkComplete-link方法的折中,他定义两个 cluster之间的距离为两个 cluster之间所有点距离的平均值
  • 最后一种 WPGMA方法计算的是两个 cluster 之间两个对象之间的距离的加权平均值,加权的目的是为了使两个 cluster 对距离的计算的影响在同一层次上,而不受 cluster 大小的影响,具体公式和采用的权重方案有关。

二、数据聚类方法

数据聚类方法主要可以分为划分式聚类方法(Partition-based Methods)基于密度的聚类方法(Density-based methods)层次化聚类方法(Hierarchical Methods)等。

聚类方法

2.1 划分式聚类方法

划分式聚类方法需要事先指定簇类的数目或者聚类中心,通过反复迭代,直至最后达到"簇内的点足够近,簇间的点足够远"的目标。经典的划分式聚类方法有k-means及其变体k-means++bi-kmeanskernel k-means等。

2.1.2 k-means算法

经典的k-means算法的流程如下:

  1. 创建 个点作为初始质心(通常是随机选择)
  2. 当任意一个点的簇分配结果发生改变时
    1. 对每个质心
    2. 将数据点分配到距其最近的簇
    3. 计算质心与数据点之间的距离
    4. 对数据集中的每个数据点
    5. 对每个簇,计算簇中所有点的均值并将均值作为质心

经典k-means源代码,下左图是原始数据集,通过观察发现大致可以分为4类,所以取 ,测试数据效果如下右图所示。

k-means聚类过程

看起来很顺利,但事情并非如此,我们考虑k-means算法中最核心的部分,假设 是数据点, 是初始化的数据中心,那么我们的目标函数可以写成

这个函数是非凸优化函数,会收敛于局部最优解,可以参考证明过程。举个🌰, ,则

该函数的曲线如下图所示

局部最优

可以发现该函数有两个局部最优点,当时初始质心点取值不同的时候,最终的聚类效果也不一样,接下来我们看一个具体的实例。

划分错误

在这个例子当中,下方的数据应该归为一类,而上方的数据应该归为两类,这是由于初始质心点选取的不合理造成的误分。而 值的选取对结果的影响也非常大,同样取上图中数据集,取 ,可以得到下面的聚类结果:

k值不同

一般来说,经典k-means算法有以下几个特点:

  1. 需要提前确定
  2. 对初始质心点敏感
  3. 对异常数据敏感

2.1.2 k-means++算法

k-means++是针对k-means中初始质心点选取的优化算法。该算法的流程和k-means类似,改变的地方只有初始质心的选取,该部分的算法流程如下

  1. 随机选取一个数据点作为初始的聚类中心
  2. 当聚类中心数量小于  
    1. 计算每个数据点与当前已有聚类中心的最短距离,用 表示,这个值越大,表示被选取为下一个聚类中心的概率越大,最后使用轮盘法选取下一个聚类中心

k-means++源代码,使用k-means++对上述数据做聚类处理,得到的结果如下

k-means++

2.1.3 bi-kmeans算法

一种度量聚类效果的指标是SSE(Sum of Squared Error),他表示聚类后的簇离该簇的聚类中心的平方和,SSE越小,表示聚类效果越好。bi-kmeans是针对kmeans算法会陷入局部最优的缺陷进行的改进算法。该算法基于SSE最小化的原理,首先将所有的数据点视为一个簇,然后将该簇一分为二,之后选择其中一个簇继续进行划分,选择哪一个簇进行划分取决于对其划分是否能最大程度的降低SSE的值。

该算法的流程如下:

  1. 将所有点视为一个簇
  2. 当簇的个数小于
    1. 计算总误差
    2. 在给定的簇上面进行 k-means聚类( )
    3. 计算将该簇一分为二之后的总误差
    4. 对每一个簇
    5. 选取使得误差最小的那个簇进行划分操作

bi-kmeans算法源代码,利用bi-kmeans算法处理上节中的数据得到的结果如下图所示。

bi-kmeans

这是一个全局最优的方法,所以每次计算出来的SSE值肯定也是一样的,我们和前面的k-meansk-means++比较一下计算出来的SSE

序号 k-means k-means++ bi-kmeans
1 2112 120 106
2 388 125 106
3 824 127 106
agv 1108 124 106

可以看到,k-means每次计算出来的SSE都较大且不太稳定,k-means++计算出来的SSE较稳定并且数值较小,而bi-kmeans每次计算出来的SSE都一样(因为是全局最优解)并且计算的SSE都较小,说明聚类的效果也最好。

2.2 基于密度的方法

k-means算法对于凸性数据具有良好的效果,能够根据距离来讲数据分为球状类的簇,但对于非凸形状的数据点,就无能为力了,当k-means算法在环形数据的聚类时,我们看看会发生什么情况。

k-means的局限性

从上图可以看到,kmeans聚类产生了错误的结果,这个时候就需要用到基于密度的聚类方法了,该方法需要定义两个参数 ,分别表示密度的邻域半径和邻域密度阈值。DBSCAN就是其中的典型。

2.2.1 DBSCAN算法

首先介绍几个概念,考虑集合 表示定义密度的邻域半径,设聚类的邻域密度阈值为 ,有以下定义:

  • 邻域( -neighborhood)

  • 密度(desity)  的密度为
  • 核心点(core-point)

,若 ,则称 的核心点,记 中所有核心点构成的集合为 ,记所有非核心点构成的集合为

  • 边界点(border-point)

,且 ,满足

邻域中存在核心点,则称 的边界点,记 中所有的边界点构成的集合为

此外,边界点也可以这么定义:若 ,且 落在某个核心点的 邻域内,则称 的一个边界点,一个边界点可能同时落入一个或多个核心点的 邻域。

  • 噪声点(noise-point)

满足

则称 为噪声点。

如下图所示,设 ,则A为核心点,B、C是边界点,而N是噪声点。

形象化解释

该算法的流程如下:

  1. 标记所有对象为unvisited
  2. 当有标记对象时
    1. 创建一个新的簇 ,并把 放入
    2. 邻域内的集合,对 中的每个点  
    3. 保存
    4. 标记 为visited
    5. 如果 邻域至少有 个对象,则把这些点添加到
    6. 如果 还不是任何簇的成员,则把 添加到
    7. 如果点 是unvisited
    8. 随机选取一个unvisited对象
    9. 标记 为visited
    10. 如果 邻域内至少有 个对象,则
    11. 否则标记 为噪声

构建 邻域的过程可以使用kd-tree进行优化,循环过程可以使用Numba、Cython、C进行优化,DBSCAN的源代码,使用该节一开始提到的数据集,聚类效果如下

DBSCAN

聚类的过程示意图

DBSCAN 处理过程

当设置不同的 时,会产生不同的结果,如下图所示

不同 下的聚类效果

当设置不同的 时,会产生不同的结果,如下图所示

不同 下的聚类效果

一般来说,DBSCAN算法有以下几个特点:

  1. 需要提前确定
  2. 不需要提前设置聚类的个数
  3. 对初值选取敏感,对噪声不敏感
  4. 对密度不均的数据聚合效果不好

2.2.2 OPTICS算法

DBSCAN算法中,使用了统一的 值,当数据密度不均匀的时候,如果设置了较小的 值,则较稀疏的cluster中的节点密度会小于 ,会被认为是边界点而不被用于进一步的扩展;如果设置了较大的 值,则密度较大且离的比较近的cluster容易被划分为同一个cluster,如下图所示。

密度不均的一种情况
  • 如果设置的 较大,将会获得A,B,C这3个 cluster
  • 如果设置的 较小,将会只获得C1、C2、C3这3个 cluster

对于密度不均的数据选取一个合适的 是很困难的,对于高维数据,由于维度灾难(Curse of dimensionality), 的选取将变得更加困难。

怎样解决DBSCAN遗留下的问题呢?

The basic idea to overcome these problems is to run an algorithm which produces a special order of the database with respect to its density-based clustering structure containing the information about every clustering level of the data set (up to a "generating distance"  ), and is very easy to analyze.

即能够提出一种算法,使得基于密度的聚类结构能够呈现出一种特殊的顺序,该顺序所对应的聚类结构包含了每个层级的聚类的信息,并且便于分析。

OPTICS(Ordering Points To Identify the Clustering Structure, OPTICS)实际上是DBSCAN算法的一种有效扩展,主要解决对输入参数敏感的问题。即选取有限个邻域参数   进行聚类,这样就能得到不同邻域参数下的聚类结果。

在介绍OPTICS算法之前,再扩展几个概念。

  • 核心距离(core-distance)

样本 ,对于给定的 ,使得 成为核心点的最小邻域半径称为 的核心距离,其数学表达如下

其中, 表示在集合 中与节点 近邻的节点,如 表示 中与 最近的节点,如果 为核心点,则必然会有

  • 可达距离(reachability-distance)

,对于给定的参数 关于 的可达距离定义为

特别地,当 为核心点时,可以按照下式来理解 的含义

表示使得" 为核心点"且" 直接密度可达"同时成立的最小邻域半径。

可达距离的意义在于衡量 所在的密度,密度越大,他从相邻节点直接密度可达的距离越小,如果聚类时想要朝着数据尽量稠密的空间进行扩张,那么可达距离最小是最佳的选择。

举个🌰,下图中假设 ,半径是 ε 。那么 点的核心距离是 ,点2的可达距离是 ,点3的可达距离也是 ,点4的可达距离则是 的距离。

核心距离与可达距离

OPTICS源代码,算法流程如下:

  1. 标记所有对象为unvisited,初始化order_list为空
  2. 当有标记对象时
    1. 初始化seed_list种子列表
    2. 调用insert_list(),将邻域对象中未被访问的节点按照可达距离插入队列seeld_list中
    3. 当seed_list列表不为空
    4. 调用insert_list(),将邻域对象中未被访问的节点按照可达距离插入队列seeld_list中
    5. 按照可达距离升序取出seed_list中第一个元素
    6. 标记 为visited,插入结果序列order_list中
    7. 如果 邻域内至少有 个对象,则
    8. 随机选取一个unvisited对象
    9. 标记 为visited,插入结果序列order_list中
    10. 如果 邻域内至少有 个对象,则

算法中有一个很重要的insert_list()函数,这个函数如下:

  1. 中所有的邻域点
  2. 如果 未被访问过
    1. 如果 $rd(k,i)
    2. 更新 的值,并按照可达距离重新插入seed_list中
    3. 将节点 按照可达距离插入seed_list中
    4. 计算
    5. 如果  
    6. 否则

OPTICS算法输出序列的过程:

OPTICS处理过程

该算法最终获取知识是一个输出序列,该序列按照密度不同将相近密度的点聚合在一起,而不是输出该点所属的具体类别,如果要获取该点所属的类型,需要再设置一个参数 提取出具体的类别。这里我们举一个例子就知道是怎么回事了。

随机生成三组密度不均的数据,我们使用DBSCANOPTICS来看一下效果。

DBSCAN划分不均匀数据
OPTICS输出序列和分类结果

可见,OPTICS第一步生成的输出序列较好的保留了各个不同密度的簇的特征,根据输出序列的可达距离图,再设定一个合理的 ,便可以获得较好的聚类效果。

2.3 层次化聚类方法

前面介绍的几种算法确实可以在较小的复杂度内获取较好的结果,但是这几种算法却存在一个链式效应的现象,比如:A与B相似,B与C相似,那么在聚类的时候便会将A、B、C聚合到一起,但是如果A与C不相似,就会造成聚类误差,严重的时候这个误差可以一直传递下去。为了降低链式效应,这时候层次聚类就该发挥作用了。

链式效应

层次聚类算法 (hierarchical clustering) 将数据集划分为一层一层的 clusters,后面一层生成的 clusters 基于前面一层的结果。层次聚类算法一般分为两类:

  • Agglomerative 层次聚类:又称自底向上(bottom-up)的层次聚类,每一个对象最开始都是一个 cluster,每次按一定的准则将最相近的两个 cluster 合并生成一个新的 cluster,如此往复,直至最终所有的对象都属于一个 cluster。这里主要关注此类算法。
  • Divisive 层次聚类:又称自顶向下(top-down)的层次聚类,最开始所有的对象均属于一个 cluster,每次按一定的准则将某个 cluster 划分为多个 cluster,如此往复,直至每个对象均是一个 cluster
层次聚类过程

另外,需指出的是,层次聚类算法是一种贪心算法(greedy algorithm),因其每一次合并或划分都是基于某种局部最优的选择。

2.3.1 Agglomerative算法

给定数据集  Agglomerative层次聚类最简单的实现方法分为以下几步:

  1. 初始时每个样本为一个 cluster,计算距离矩阵  ,其中元素 为样本点 和   之间的距离;
  2. 遍历距离矩阵  ,找出其中的最小距离(对角线上的除外),并由此得到拥有最小距离的两个 cluster 的编号,将这两个 cluster 合并为一个新的 cluster 并依据 cluster距离度量方法更新距离矩阵 (删除这两个 cluster 对应的行和列,并把由新 cluster 所算出来的距离向量插入  中),存储本次合并的相关信息;
  3. 重复 2 的过程,直至最终只剩下一个 cluster

Agglomerative算法源代码,可以看到,该 算法的时间复杂度为   (由于每次合并两个 cluster 时都要遍历大小为  的距离矩阵来搜索最小距离,而这样的操作需要进行   次),空间复杂度为  (由于要存储距离矩阵)。

不同类簇度量方法下的层次聚类效果

上图中分别使用了层次聚类中4个不同的cluster度量方法,可以看到,使用single-link确实会造成一定的链式效应,而使用complete-link则完全不会产生这种现象,使用average-linkward-link则介于两者之间。

2.4 聚类方法比较

算法类型

适合的数据类型

抗噪点性能

聚类形状

算法效率

kmeans 混合型 较差 球形 很高
k-means++ 混合型 一般 球形 较高
bi-kmeans 混合型 一般 球形 较高
DBSCAN 数值型 较好 任意形状 一般
OPTICS 数值型 较好 任意形状 一般
Agglomerative 混合型 较好 任意形状 较差

三、小区融合项目应用

3.1 小区融合的目的

贝壳找房的楼盘字典目前已成为全国最大的真实房源数据库,该数据库不仅存储了房源的信息,也存储了大量的小区数据,小区融合的目的是通过设置融合策略,将楼盘字典的多份小区数据进行整合,最终形成一个不包含重复小区的数据库。

3.2 聚类方法选择与效果

小区融合项目中,比较两个小区的相似度一般可以通过以下三种途径:

  • 比较两个小区的小区名
  • 比较两个小区的经纬度
  • 比较两个小区的地址

在实际融合中,结合三种途径,设定合理的融合策略,将楼盘字典中的非主小区数据表挂靠到楼盘字典的主小区表中,不能够挂靠到主小区表的数据,使用聚类算法对这些小区进行融合,获取非主小区表中的独有小区。为什么在这里使用聚类呢?因为可以减少不必要的比较次数,在spark程序中,是以城市中的一个城区作为最小的处理单元,该单元中的小区都需要一一比较的话耗时太长,并且容易产生**"链式效应"**。那么聚类算法应该选择什么呢?

根据前面各种聚类算法的比较,我们选择的是DBSCAN层次聚类算法。具体的融合策略如下图所示。

小区融合示意图

以北京市朝阳区的小区为例,融合之前所有小区的数据量9400,经过融合之后非主小区的独有数据量1345,设置DBSCAN融合阈值eps=500,min_pts=5,得到的融合结果如下图所示

北京朝阳非主小区数据融合

四、参考文献

[1] 李航.统计学习方法

[2] Peter Harrington.Machine Learning in Action/李锐.机器学习实战

[3] https://www.zhihu.com/question/34554321

[4] T. Soni Madhulatha.AN OVERVIEW ON CLUSTERING METHODS

[5] https://zhuanlan.zhihu.com/p/32375430

[6] http://heathcliff.me/聚类分析(一):层次聚类算法

[7] https://www.cnblogs.com/tiaozistudy/p/dbscan_algorithm.html

[8] https://blog.csdn.net/itplus/article/details/10089323

[9] Mihael Ankerst.OPTICS: ordering points to identify the clustering structure

作者介绍

胡著,2019年6月毕业于华中科技大学,现任贝壳找房知识图谱工程师,负责贝壳找房房产知识图谱的研发及落地应用。


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