The selection of penalty hyperparameters is a critical aspect in Nonnegative Matrix Factorization (NMF), since these values control the trade-off between the reconstruction accuracy and the adherence to desired constraints. In this work, we focus on an NMF problem involving the Itakura-Saito (IS) divergence, effective for extracting low spectral density components from spectrograms of mixed signals, enhanced with sparsity constraints. We propose a new algorithm called SHINBO, which introduces a bi-level optimization framework to automatically and adaptively tune the row-dependent penalty hyperparameters, enhancing the ability of IS-NMF to isolate sparse, periodic signals against noise. Experimental results showed SHINBO ensures precise spectral decomposition and demonstrates superior performance in both synthetic and real-world applications. For the latter, SHINBO is particularly useful, as noninvasive vibration-based fault detection in rolling bearings, where the desired signal components often reside in high-frequency subbands but are obscured by stronger, spectrally broader noise. By addressing the critical issue of hyperparameter selection, SHINBO advances the state-of-the-art in signal recovery for complex, noise-dominated environments.


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