基于RNA-seq数据识别胚胎发育相关的lncRNA及新候选lncRNA的鉴定及功能研究

项目名称： 基于RNA-seq数据识别胚胎发育相关的lncRNA及新候选lncRNA的鉴定及功能研究

项目编号： No.31371478

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 生物科学

项目作者： 吴琼

作者单位： 哈尔滨工业大学

项目金额： 80万元

中文摘要： 非编码RNA在表观遗传及转录后调控等层面上调控基因表达并与胚胎发育密切相关。我们基于生物信息学方法预测出潜在与发育关联的长非编码RNA（lncRNA）。利用RNA-seq数据为基础的转录组重建方法并结合功能数据包括组蛋白修饰、cDNA和编码潜能等筛选候选的lncRNA。对候选的发育相关的新lncRNA进行实验验证。采取不同发育阶段的胚胎，通过分子生物学手段确定其时空特异表达模式及转录本。构建候选lncRNA的全长过表达载体及敲除载体，制作候选lncRNA的小鼠模型。通过高通量芯片分析及组织形态学变化，初步确认候选lncRNA的功能，在此基础上，构建lncRNA、miRNA和mRNA的互作网络。本课题的成果将丰富已有lncRNA库，尤其是胚胎发育密切相关的lncRNA，并阐明lncRNA在胚胎发育过程中的作用机制。为今后表观遗传学研究、干细胞分化、发育的调控和肿瘤的风险评估提供新的思路。

中文关键词： 长非编码RNAs；功能注释；RNA-seq；注释平台；共表达

英文摘要： Non-coding RNA are closely related to the regulation of gene expression and embryonic development on the level of epigenetic and post-transcriptional. The potential long non-coding RNA (lncRNA) associated with the developmen have been predicted by based o

英文关键词： long non-coding RNAs；function annotation；RNA-seq；annotation platform；co-expression