蛋白质与蛋白质的结合位点结构比对方法研究

项目名称： 蛋白质与蛋白质的结合位点结构比对方法研究

项目编号： No.61202309

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 计算机科学学科

项目作者： 周柚

作者单位： 吉林大学

项目金额： 22万元

中文摘要： 蛋白质结合位点结构比对方法的研究是当今结构基因组学的重要研究内容之一，对于蛋白质结构和功能研究有着重要的意义。申请课题拟解决蛋白质与蛋白质结合位点结构比对研究中的几个热点和难点问题，课题组将搜集和整理蛋白质与蛋白质结合位点的数据，构建几组结合位点结构比对研究所需要的数据集；针对不同类型结合位点的特征，研究位点选取、表示和相似性评价的有效方法；将进化计算、图论和计算机图形学等方法相融合，提出一种高效蛋白质结合位点结构比对算法；开发一套算法软件，并分析一系列与结合位点功能相关的生物学实例。本项目属于前沿性研究，希望能够解决蛋白质结合位点结构比对研究中的几个难点问题，从而促进结构基因组学、蛋白质功能和药物设计领域的研究步伐。

中文关键词： 蛋白质结合位点；结构比对；模式匹配；蛋白质与蛋白质相互作用；

英文摘要： Research on protein binding site structural alignment is one of the most important parts of Structural Genomic. It is a significant and useful work for research on protein function and protein structure. The proposed project aims to solve some problems about protein-protein binding site alignment. The project will collect data of protein-protein binding site in all databases. A processing method will be proposed to deal with the collected data. The aim of the method is to try to deal with data and construct a series of datasets for structural alignment. Base on the study of comparison between different interactions, the selection method of binding site, the expression method of binding site and the similarity evaluation method of binding site will be proposed in this project. The proposed project will present a novel algorithm for aligning protein-protein binding site. The algorithm is a combination method which includes the advantages of methods of Evolutionary Computation, Graph Theory and Computer Graphics. The algorithm should be highly effective. The correspondent software will be developed and applicable. Some biological examples will be analyzed based on the developed software. We hope that we can solve some difficult problems of protein-protein binding site alignment by the research of this project. The

英文关键词： protein binding sites；structural alignment；pattern matching；protein-protein interaction；