基于转录组测序的高密度SNP遗传图谱的构建及抗病相关QTL分析——以黄鳝为例

项目名称： 基于转录组测序的高密度SNP遗传图谱的构建及抗病相关QTL分析——以黄鳝为例

项目编号： No.31160530

项目类型： 地区科学基金项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 畜牧学与草地科学、兽医学、水产学

项目作者： 钟其旺

作者单位： 江西农业大学

项目金额： 50万元

中文摘要： 分子标记辅助育种需要高密度的遗传连锁图谱。目前连锁图谱普遍存在两个问题，一是标记的密度不够，二是与基因连锁的Ⅰ型标记太少。连锁图谱的一般做法是先获得标记，再检测标记的适用性。但是，由于标记开发时所用的个体和图谱构建时的亲本不同，导致很多位点由于在亲本中不能扩增或亲本间没有多态性而被弃之不用，造成极大的浪费。为克服这一障碍，本研究采用家系和标记直接对应的方法构建连锁图谱：即以F1家系为亲本，单对交配产生的F2家系为作图群体，采用高通量测序技术获得F1亲本转录组序列的SNP位点，直接以这些位点进行遗传图的构建。同时，对F2子代进行抗病性（抗温和气单胞菌）分析，鉴定相关QTL。由于所得SNP均来自于基因，因而通过比较基因组的方法，可对QTL位点进行同线性分析，找出这些区域可能包括的基因，并从转录组测序结果中鉴定这些基因所包含的SNP位点，对这些位点进行关联分析，从而进一步缩小QTL的范围。

中文关键词： 黄鳝；转录组测序；RDA-seq；微卫星；单核苷酸多态性

英文摘要：

英文关键词： Monopterus albus；RNA-Seq；RDA-seq；microsatellite；SNP