资源 | 清华大学发布OpenNE：用于网络嵌入的开源工具包

2017 年 10 月 27 日 机器之心

选自THUNLP

机器之心编译

参与：刘晓坤、路雪

为了方便大家对网络表示学习（NE/NRL）开展相关的实验或研究，清华大学计算机科学与技术系的研究人员在 GitHub 上发布了 NE/NRL 训练和测试框架 OpenNE，其中统一了 NE 模型输入/输出/评测接口，并且修订和复现了目前比较经典的网络表征学习模型。该项目还在持续开发中，作者还提供了与未扩展模型的比较结果。

项目链接：https://github.com/thunlp/OpenNE

本项目是一个标准的 NE/NRL（Network Representation Learning，网络表征学习）训练和测试框架。在这个框架中，我们统一了不同 NE 模型输入和输出接口，并为每个模型提供可扩展选项。此外，我们还在这个框架中用 TensorFlow 实现了经典 NE 模型，使这些模型可以用 GPU 训练。

我们根据 DeepWalk 的设置开发了这个工具包, 实现和修改的模型包括 DeepWalk、LINE、node2vec、GraRep、TADW 和 GCN。我们还将根据已公布的 NRL 论文发表持续实现更多有代表性的 NE 模型。特别地，我们欢迎其他研究者在该框架中构建 NE 模型到这个工具包中，也会公布项目中的贡献内容。

配置需求

numpy==1.13.1
networkx==2.0
scipy==0.19.1
tensorflow==1.3.0
gensim==3.0.1
scikit-learn==0.19.0

使用

通用选项

如果想查看其它可用的 OpenNE 选项，请输入以下命令：

  
    
    
    
   
     
     
     python src/main.py --help

input，一个网络的输入文件；
graph-format，输入图的格式，类邻接表或边表；
output，表征的输出文件；
representation-size，用于学习每个节点的隐维数，默认为 128；
method，NE 模型的学习方法，包括 deepwalk、line、node2vec、grarep、tadw 和 gcn；
directed，将图转换为定向的；
weighted，将图加权；
label-file，节点标签的文件；只在测试时使用；
clf-ratio，节点分类的训练数据的比例；默认值为 0.5；
epochs，LINE 和 GCN 的训练 epoch 数；默认值为 5；

样例

在 BlogCatalog 网络上运行「node2vec」，评估多标签节点分类任务上的学习表征，并在这个项目的主目录上运行以下命令：

  
    
    
    
   
     
     
     python src/main.py --method node2vec --label-file data/blogCatalog/bc_labels.txt --input data/blogCatalog/bc_adjlist.txt --graph-format adjlist --output vec_all.txt --q 0.25 --p 0.25

在 Cora 网络上运行「gcn」，并在多标签节点分类任务上评估学习表征，在这个项目的主目录上运行以下命令：

  
    
    
    
   
     
     
     python src/main.py --method gcn --label-file data/cora/cora_labels.txt --input data/cora/cora_edgelist.txt --graph-format edgelist --feature-file data/cora/cora.features  --epochs 200 --output vec_all.txt --clf-ratio 0.1

特定选项

DeepWalk 和 node2vec：

number-walks，每个节点起始的随机行走数目；默认值为 10；
walk-length，每个节点起始的随机行走步长；默认值为 80；
workers，平行处理的数量；默认值为 8；
window-size，skip-gram 模型的 window-size；默认值为 10；
q，只用于 node2vec；默认值为 1.0；
p，只用于 node2vec；默认值为 1.0；

LINE：

negative-ratio，默认值为 5；
order，1 为 1 阶模型，2 为 2 阶模型；默认值为 3；
no-auto-stop，训练 LINE 时不使用早期停止法；训练 LINE 的时候，对每个 epoch 计算 micro-F1。如果当前的 micro-F1 小于上一个，训练过程将使用早期停止法；

GraRep：

kstep，使用 k-step 转移概率矩阵（确保 representation-size%k-step == 0）；

TADW：

lamb，lamb 是 TADW 中控制正则化项的权重的参数；

GCN：

feature-file，节点特征的文件；
epochs，GCN 的训练 epoch 数；默认值为 5；
dropout，dropout 率；
weight-decay，嵌入矩阵的 L2 损失的权重；
hidden，第一个隐藏层的单元数量；

输入

支持的输入格式是边表（edgelist）或类邻接表（adjlist）：

  
    
    
    
   
     
     
     edgelist: node1 node2 <weight_float, optional>
   
     
     
     adjlist: node n1 n2 n3 ... nk

默认图为非定向、未加权。这些选项可以通过设置合适的 flag 进行修改。

如果该模型需要额外的特征，支持的特征输入格式如下（feature_i 指浮点）：

  
    
    
    
   
     
     
     node feature_1 feature_2 ... feature_n

输出

带有 n 个节点的图的输入文件有 n+1 行。第一行的格式为：

  
    
    
    
   
     
     
     num_of_nodes dim_of_representation

下面 n 行的格式为：

  
    
    
    
   
     
     
     node_id dim1 dim2 ... dimd

其中，dim1, ... , dimd 是 OpenNE 学到的 d 维表示。

评估

如果你想评估学得的节点表征，你可以输入节点标签。它将使用一部分节点（默认：50%）来训练分类器，在剩余的数据集上计算 F1 得分。

支持的输入标签格式为：

  
    
    
    
   
     
     
     node label1 label2 label3...

与其他实现进行对比

运行环境：CPU: Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2620 v3 @ 2.40GHz

我们展示了在不同数据集上对不同方法的节点分类结果。我们将表征维度设置为 128，GraRep 中的 kstep=4，node2vec 中 p=1，q=1。

注意：GCN（半监督 NE 模型）和 TADW 需要额外的文本特征作为输入。因此，我们在 Cora 上评估这两个模型，Cora 的每个节点都有文本信息。我们使用 10% 的标注数据来训练 GCN。

BlogCatalog：10312 节点，333983 边缘，39 标签，非定向：

data/blogCatalog/bc_adjlist.txt
data/blogCatalog/bc_edgelist.txt
data/blogCatalog/bc_labels.txt

Wiki：2405 节点，17981 边缘，19 标签，定向：

data/wiki/Wiki_edgelist.txt
data/wiki/Wiki_category.txt

cora：2708 节点，5429 边缘，7 标签，定向：

data/cora/cora_edgelist.txt
data/cora/cora.features
data/cora/cora_labels.txt

引用

如果 OpenNE 对你的研究有用，请考虑引用以下论文：

  
    
    
    
   
     
     
     @InProceedings{perozzi2014deepwalk,
   
     
     
       Title                    = {Deepwalk: Online learning of social representations},
   
     
     
       Author                   = {Perozzi, Bryan and Al-Rfou, Rami and Skiena, Steven},
   
     
     
       Booktitle                = {Proceedings of KDD},
   
     
     
       Year                     = {2014},
   
     
     
       Pages                    = {701--710}
   
     
     
     }
   
     
     
     
   
     
     
     @InProceedings{tang2015line,
   
     
     
       Title                    = {Line: Large-scale information network embedding},
   
     
     
       Author                   = {Tang, Jian and Qu, Meng and Wang, Mingzhe and Zhang, Ming and Yan, Jun and Mei, Qiaozhu},
   
     
     
       Booktitle                = {Proceedings of WWW},
   
     
     
       Year                     = {2015},
   
     
     
       Pages                    = {1067--1077}
   
     
     
     }
   
     
     
     
   
     
     
     @InProceedings{grover2016node2vec,
   
     
     
       Title                    = {node2vec: Scalable feature learning for networks},
   
     
     
       Author                   = {Grover, Aditya and Leskovec, Jure},
   
     
     
       Booktitle                = {Proceedings of KDD},
   
     
     
       Year                     = {2016},
   
     
     
       Pages                    = {855--864}
   
     
     
     }
   
     
     
     
   
     
     
     @article{kipf2016semi,
   
     
     
       Title                    = {Semi-Supervised Classification with Graph Convolutional Networks},
   
     
     
       Author                   = {Kipf, Thomas N and Welling, Max},
   
     
     
       journal                  = {arXiv preprint arXiv:1609.02907},
   
     
     
       Year                     = {2016}
   
     
     
     }
   
     
     
     
   
     
     
     @InProceedings{cao2015grarep,
   
     
     
       Title                    = {Grarep: Learning graph representations with global structural information},
   
     
     
       Author                   = {Cao, Shaosheng and Lu, Wei and Xu, Qiongkai},
   
     
     
       Booktitle                = {Proceedings of CIKM},
   
     
     
       Year                     = {2015},
   
     
     
       Pages                    = {891--900}
   
     
     
     }
   
     
     
     
   
     
     
     @InProceedings{yang2015network,
   
     
     
       Title                    = {Network representation learning with rich text information},
   
     
     
       Author                   = {Yang, Cheng and Liu, Zhiyuan and Zhao, Deli and Sun, Maosong and Chang, Edward},
   
     
     
       Booktitle                = {Proceedings of IJCAI},
   
     
     
       Year                     = {2015}
   
     
     
     }
   
     
     
     
   
     
     
     @Article{tu2017network,
   
     
     
       Title                    = {Network representation learning: an overview},
   
     
     
       Author                   = {TU, Cunchao and YANG, Cheng and LIU, Zhiyuan and SUN, Maosong},
   
     
     
       Journal                  = {SCIENTIA SINICA Informationis},
   
     
     
       Volume                   = {47},
   
     
     
       Number                   = {8},
   
     
     
       Pages                    = {980--996},
   
     
     
       Year                     = {2017}
   
     
     
     }