In this paper we present SurvLIMEpy, an open-source Python package that implements the SurvLIME algorithm. This method allows to compute local feature importance for machine learning algorithms designed for modelling Survival Analysis data. Our implementation takes advantage of the parallelisation paradigm as all computations are performed in a matrix-wise fashion which speeds up execution time. Additionally, SurvLIMEpy assists the user with visualization tools to better understand the result of the algorithm. The package supports a wide variety of survival models, from the Cox Proportional Hazards Model to deep learning models such as DeepHit or DeepSurv. Two types of experiments are presented in this paper. First, by means of simulated data, we study the ability of the algorithm to capture the importance of the features. Second, we use three open source survival datasets together with a set of survival algorithms in order to demonstrate how SurvLIMEpy behaves when applied to different models.


翻译:在本文中,我们介绍了SurvLIMEpy,一个开源的Python包,它实现了SurvLIME 算法。该方法允许计算针对生存分析数据建模的机器学习算法的局部特征重要性。我们的实现利用了并行化范例,因为所有的计算都是以矩阵方式执行的,这加快了执行时间。此外,SurvLIMEpy协助用户使用可视化工具更好地理解算法的结果。该程序支持各种生存模型,从Cox比例风险模型到DeepHit或DeepSurv等深度学习模型。本文介绍了两种类型的实验。首先,通过模拟数据,我们研究了该算法捕获特征重要性的能力。其次,我们使用三个开源生存数据集以及一组生存算法,以证明SurvLIMEpy应用于不同模型时的行为。

0
下载
关闭预览

相关内容

ACM/IEEE第23届模型驱动工程语言和系统国际会议,是模型驱动软件和系统工程的首要会议系列,由ACM-SIGSOFT和IEEE-TCSE支持组织。自1998年以来,模型涵盖了建模的各个方面,从语言和方法到工具和应用程序。模特的参加者来自不同的背景,包括研究人员、学者、工程师和工业专业人士。MODELS 2019是一个论坛,参与者可以围绕建模和模型驱动的软件和系统交流前沿研究成果和创新实践经验。今年的版本将为建模社区提供进一步推进建模基础的机会,并在网络物理系统、嵌入式系统、社会技术系统、云计算、大数据、机器学习、安全、开源等新兴领域提出建模的创新应用以及可持续性。 官网链接:http://www.modelsconference.org/
【2022新书】Python数据科学导论,309页pdf
专知会员服务
81+阅读 · 2022年8月6日
不可错过!《机器学习100讲》课程,UBC Mark Schmidt讲授
专知会员服务
73+阅读 · 2022年6月28日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
151+阅读 · 2019年10月12日
【SIGGRAPH2019】TensorFlow 2.0深度学习计算机图形学应用
专知会员服务
39+阅读 · 2019年10月9日
【电子书推荐】Data Science with Python and Dask
专知会员服务
43+阅读 · 2019年6月1日
手把手教你写 Dart ffi
阿里技术
0+阅读 · 2022年11月7日
基于PyTorch/TorchText的自然语言处理库
专知
28+阅读 · 2019年4月22日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
利用动态深度学习预测金融时间序列基于Python
量化投资与机器学习
18+阅读 · 2018年10月30日
在Python中使用SpaCy进行文本分类
专知
24+阅读 · 2018年5月8日
【推荐】用Python/OpenCV实现增强现实
机器学习研究会
15+阅读 · 2017年11月16日
【推荐】MXNet深度情感分析实战
机器学习研究会
16+阅读 · 2017年10月4日
【推荐】用Tensorflow理解LSTM
机器学习研究会
36+阅读 · 2017年9月11日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2009年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 2023年5月9日
VIP会员
相关资讯
手把手教你写 Dart ffi
阿里技术
0+阅读 · 2022年11月7日
基于PyTorch/TorchText的自然语言处理库
专知
28+阅读 · 2019年4月22日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
利用动态深度学习预测金融时间序列基于Python
量化投资与机器学习
18+阅读 · 2018年10月30日
在Python中使用SpaCy进行文本分类
专知
24+阅读 · 2018年5月8日
【推荐】用Python/OpenCV实现增强现实
机器学习研究会
15+阅读 · 2017年11月16日
【推荐】MXNet深度情感分析实战
机器学习研究会
16+阅读 · 2017年10月4日
【推荐】用Tensorflow理解LSTM
机器学习研究会
36+阅读 · 2017年9月11日
相关基金
国家自然科学基金
4+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2009年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员