The Dirichlet-multinomial (DM) distribution plays a fundamental role in modern statistical methodology development and application. Recently, the DM distribution and its variants have been used extensively to model multivariate count data generated by high-throughput sequencing technology in omics research due to its ability to accommodate the compositional structure of the data as well as overdispersion. A major limitation of the DM distribution is that it is unable to handle excess zeros typically found in practice which may bias inference. To fill this gap, we propose a novel Bayesian zero-inflated DM model for multivariate compositional count data with excess zeros. We then extend our approach to regression settings and embed sparsity-inducing priors to perform variable selection for high-dimensional covariate spaces. Throughout, modeling decisions are made to boost scalability without sacrificing interpretability or imposing limiting assumptions. Extensive simulations and an application to a human gut microbiome data set are presented to compare the performance of the proposed method to existing approaches. We provide an accompanying R package with a user-friendly vignette to apply our method to other data sets.


翻译:在现代统计方法的开发和应用中,Drichlet-多式(DM)分布在现代统计方法的开发和应用中起着根本作用。最近,DM分布及其变体被广泛用来模拟在食气研究中高通量排序技术产生的多变量计数数据,因为其能够容纳数据的构成结构以及过度分散。DM分布的一个主要限制是它无法处理通常在实践上发现的、可能偏向推论的超值零。为了填补这一空白,我们提议了一个新的Bayesian零充气DM模型,用于多变量组成计数数据为零。我们随后将我们的方法推广到回归设置和嵌入电磁感应前,以便对高维度共变空间进行可变的选择。总的来说,模型决定是为了提高可缩性,同时不牺牲可解释性或强加限制的假设。对人类直肠微生物数据集进行了广泛的模拟和应用,以将拟议方法的性能与现有方法进行比较。我们提供了附带的R软件包,并配有用户友好的维格,以便将我们的方法应用于其他数据集。</s>

0
下载
关闭预览

相关内容

iOS 8 提供的应用间和应用跟系统的功能交互特性。
  • Today (iOS and OS X): widgets for the Today view of Notification Center
  • Share (iOS and OS X): post content to web services or share content with others
  • Actions (iOS and OS X): app extensions to view or manipulate inside another app
  • Photo Editing (iOS): edit a photo or video in Apple's Photos app with extensions from a third-party apps
  • Finder Sync (OS X): remote file storage in the Finder with support for Finder content annotation
  • Storage Provider (iOS): an interface between files inside an app and other apps on a user's device
  • Custom Keyboard (iOS): system-wide alternative keyboards

Source: iOS 8 Extensions: Apple’s Plan for a Powerful App Ecosystem
100+篇《自监督学习(Self-Supervised Learning)》论文最新合集
专知会员服务
164+阅读 · 2020年3月18日
专知会员服务
159+阅读 · 2020年1月16日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
151+阅读 · 2019年10月12日
[综述]深度学习下的场景文本检测与识别
专知会员服务
77+阅读 · 2019年10月10日
机器学习入门的经验与建议
专知会员服务
92+阅读 · 2019年10月10日
【SIGGRAPH2019】TensorFlow 2.0深度学习计算机图形学应用
专知会员服务
39+阅读 · 2019年10月9日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
26+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
17+阅读 · 2019年1月7日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
【SIGIR2018】五篇对抗训练文章
专知
12+阅读 · 2018年7月9日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
Arxiv
19+阅读 · 2022年7月29日
Arxiv
79+阅读 · 2022年7月16日
Neural Architecture Search without Training
Arxiv
10+阅读 · 2021年6月11日
Generative Adversarial Networks: A Survey and Taxonomy
Arxiv
12+阅读 · 2019年3月14日
Adversarial Transfer Learning
Arxiv
12+阅读 · 2018年12月6日
VIP会员
相关基金
国家自然科学基金
1+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员