Autonomous navigation is crucial for various robotics applications in agriculture. However, many existing methods depend on RTK-GPS systems, which are expensive and susceptible to poor signal coverage. This paper introduces a state-of-the-art LiDAR-based navigation system that can achieve over-canopy autonomous navigation in row-crop fields, even when the canopy fully blocks the interrow spacing. Our crop row detection algorithm can detect crop rows across diverse scenarios, encompassing various crop types, growth stages, weed presence, and discontinuities within the crop rows. Without utilizing the global localization of the robot, our navigation system can perform autonomous navigation in these challenging scenarios, detect the end of the crop rows, and navigate to the next crop row autonomously, providing a crop-agnostic approach to navigate the whole row-crop field. This navigation system has undergone tests in various simulated agricultural fields, achieving an average of $2.98cm$ autonomous driving accuracy without human intervention on the custom Amiga robot. In addition, the qualitative results of our crop row detection algorithm from the actual soybean fields validate our LiDAR-based crop row detection algorithm's potential for practical agricultural applications.


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