全基因组水平植物信使RNA选择性多聚腺苷化调控研究

项目名称： 全基因组水平植物信使RNA选择性多聚腺苷化调控研究

项目编号： No.61174161

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 吉国力

作者单位： 厦门大学

项目金额： 59万元

中文摘要： 基于高通量基因mRNA深度测序新技术，从全基因组水平应用生物信息学方法分析海量测序数据，建立全基因组mRNA植物APA位点数据集；对基因启动子区、5'与3'非翻译区、外显子区、内含子区及非基因区，考虑正向与反向转录，提取各区域poly(A)信号模式，建立分析植物mRNA转录组的统计机器学习模型及算法；重点研究全基因组水平的APA转录后修饰对基因表达的影响，分析不同条件基因经正向与反向转录形成的mRNA产物；将模型算法分析与生物实验结合，研发集高通量mRNA深度测序序列预处理及APA位点的提取、表达水平标准化、差异选择分析、信号模式识别与预测结合的可视化工具，达到有效辅助生物实验的水平，完善植物基因组注释及研究mRNA选择性加工机制对基因调控的影响。此研究计划，有利于加深对植物转录组编码的真实范围理解，对于植物基因组注释、内含子可变剪接、新基因预测、基因表达调控研究有重要生物学与信息学意义。

中文关键词： 选择性多聚腺苷化；转录后调控；识别模型；基因组注释；可视化

英文摘要：

英文关键词： alternative polyadenylation；post-transcriptional regulation；recognition model；genome annotation；visualization