MHC II类分子亲和肽的高精度预测研究

项目名称： MHC II类分子亲和肽的高精度预测研究

项目编号： No.61170097

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 计算机科学学科

项目作者： 朱山风

作者单位： 复旦大学

项目金额： 57万元

中文摘要： 准确预测MHC II类分子亲和肽，一方面，在理论上有助于我们理清免疫识别与应答的基本机制；另一方面，在实际应用中，能够帮助我们快速找到抗原表位，从而指导疫苗研制与药物设计。本项目的主要目标是开发出MHC II类分子亲和肽的高精度预测算法，为免疫学家与医学工作者节约大量时间与金钱。本课题以MHC II类分子亲和肽的预测作为研究对象，在机器学习的理论框架的指导下，设计基于多示例学习的算法解决亲和肽长度不均一的问题，然后设计基于多任务学习的算法克服大量MHC II类分子缺乏训练数据的困难，最后设计基于集成学习的算法有机融合基于不同信息（序列信息和结构信息）和各种技术（如ANN，SVM等）的预测模型，以提高预测精度。拟解决的科学问题包括：（1）如何为长度不均一的多肽设计等长的编码或合适的核函数 (2)如何实现不同MHC II类分子训练数据之间的知识共享（3）如何设计有效的集成预测框架。

中文关键词： 免疫信息学；MHC分子亲和肽预测；机器学习；；

英文摘要：

英文关键词： immunological informatics；MHC Peptide binding prediction；machine learning；；