鱼类寒冷环境下逆转座子大规模扩增的表观遗传调控机制研究

项目名称： 鱼类寒冷环境下逆转座子大规模扩增的表观遗传调控机制研究

项目编号： No.31372516

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 农业科学

项目作者： 张俊芳

作者单位： 上海海洋大学

项目金额： 78万元

中文摘要： 环境适应性进化是生物学领域的热点之一,而生活在寒冷环境的极地鱼类一直是研究寒冷适应性进化的理想生物模型。我们的前期工作利用比较基因组学和转录组学研究首次揭示南极鱼基因组在极端寒冷环境下发生大规模扩增,其中逆转座子基因家族的扩增最为显著,高达300倍.逆转座直接参与基因组的扩增并介导新基因的产生,而表观遗传学机制是控制逆转座活性的重要因素。本研究将采用最新的表观遗传学全基因组DNA甲基化测序(MeDIP-Seq)技术和染色体免疫沉淀结合测序（ChIP-seq）技术,鉴定生活在寒冷环境的南极鱼类基因组及逆转座子区域DNA甲基化和组蛋白修饰的特征性改变，分析这些改变对于寒冷环境下逆转座子扩增的影响，并在模式生物斑马鱼细胞系中进行验证，从而揭示鱼类如何在表观遗传学层面进行寒冷适应进化。本研究将为鱼类寒冷适应的遗传与表观遗传干预提供重要的理论依据。

中文关键词： 寒冷适应；DNA甲基化；组蛋白修饰；染色体免疫沉淀；表观遗传调控

英文摘要： Enviornmental adaptive evolution is a hot topic in the biology field. Polar fishes living in the cold environment are regarded as very model organisms to explore mechanisms of adaptive evolution. Using genomics and transcriptomics analysis, our previous s

英文关键词： Cold adaption；DNA methylation；Histone modification；Chromatin Immunoprecipitation；Epigentic regulation