科技速递丨246份非洲稻重测序揭示其复杂驯化历史

2018 年 7 月 25 日 未来产业促进会

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科研进展

1、246份非洲水稻重测序揭示非洲稻驯化复杂历史

《Current Biology》，法国研究人员对246个水稻样本（163个非洲栽培稻和83个非洲短舌野生稻）进行重测序，推断非洲水稻驯化摇篮地在内尼日尔三角洲。进一步分析发现，非洲栽培稻的有效种群规模在距今约16000-11700年之前开始下降，并且，在距今约3,400年之前达到最低，而在距1,850年又经历了强烈的增长。在大约1万多年前撒哈拉沙漠气候干燥期间，发生了野生种群崩溃，并支持以下假设：撒哈拉沙漠中野生资源的枯竭引发了非洲稻驯化，并在2000年前使得非洲稻种植大大扩展。其中，与竖立表型相关基因PROG1在非洲栽培稻和亚洲栽培稻中表现出选择的证据；落粒基因SH5在非洲水稻驯化过程中表现出选择特征，但在亚洲水稻驯化中则没有。该研究揭示了非洲水稻驯化的复杂历史，并受到撒哈拉地区重要气候变化的影响。

https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(18)30702-4

2、Nature子刊：宏蛋白组学揭示小儿炎症性肠病中人和微生物菌群互作机制

《Nature Communications》，研究人员收集71例新发小儿炎症性肠病（IBD）患儿的肠道粘膜-内腔界面（MLI）抽出物样本，并利用宏蛋白组学对人和微生物菌群蛋白进行表征。结果表明，与对照个体相比，IBD病例中与氧化应激反应相关的微生物蛋白（如DNA损伤修复/防御、L-半胱氨酸降解等）上调。IBD病例中与氧化抗菌活性相关的宿主相关蛋白存在于分离的胞外囊泡（EV）中，其表达量增加，并且与菌群功能改变相关，这可能是引起菌群失调和粘膜炎症的因素。此外，肠道共生菌普拉梭菌（Faecalibacterium prausnitzii）与克罗恩病相关。该研究表明，肠道EV蛋白组的改变与IBD中异常的宿主-微生物群相互作用有关。

https://www.nature.com/articles/s41467-018-05357-4

3、群体基因组组学揭示与北京鸭体型和羽色相关的主效基因

《Nature Communications》，西北农林科技大学和农科院等研究人员对40只绿头鸭、12个不同品种的36只地方鸭（包括绍兴鸭和高邮鸭）和30只北京鸭的基因组进行基因组比较分析。在发现选择信号后，研究人员再将绿头鸭与北京鸭进行杂交产生F2分离群体的1026只家鸭进行重测序，发现两个关键经济性状与两个具有固定突变的选择性清除相关。一种新颖的内含子插入最可能导致MITF的剪接变化占白鸭绒羽毛通过研究，研究人员确定了与北京鸭白羽、体型较大、饲料转化率较高相关的两个基因突变。研究发现，与白羽相关的基因MITF发生突变，另外一个假定的长距离调节性突变导致北京鸭出生后IGF2BP1基因持续表达，使体型增加15％，饲料效率提高6％。该研究为动物研究中的基因型-表型关联提供了新的见解，并构成了家禽经济性状重要基因的价值性资源。

https://www.nature.com/articles/s41467-018-04868-4

产业及政策动态

1、国务院：扩大科研经费使用自主权，并开展“唯论文、唯职称、唯学历”问题集中清理

国务院印发《关于优化科研管理提升科研绩效若干措施的通知》，政策措施包括：（1）简化科研项目申报和过程管理，加快完善国家科技管理信息系统，推行“材料一次报送”制度。赋予科研人员和科研单位更大科研自主权，科研人员可在研究方向不变、不降低申报指标的前提下自主调整技术路线，将直接费用中除设备费外的其他科目费用调剂权全部下放项目承担单位；（2）优化整合科技领域人才计划，切实精简人才“帽子”，开展科技人才计划申报查重工作，不得将人才“帽子”同物质利益直接挂钩。开展“唯论文、唯职称、唯学历”问题集中清理，建立以创新质量和贡献为导向的绩效评价体系；（3）实行科研项目绩效分类评价，加强项目关键环节考核，绩效评价结果作为项目调整、后续支持的重要依据；（4）建立单位主管部门、项目管理部门等相关部门为高校和科研院所分担责任机制，减少对科研活动的审计和财务检查频次。强化高校、科研院所和科研人员主体责任，完善鼓励法人担当负责的考核激励机制。

http://www.gov.cn/xinwen/2018-07/24/content_5308824.htm

2、美国癌症学会： 2018年乳腺癌、宫颈癌、肺癌等筛查指南回顾

近期，美国癌症学会发布2018年最新癌症筛查指南，包括：（1）乳腺癌：40-44岁女性可开展每年筛查，45岁开始女性应定期接受乳腺X线筛查，45-54岁女性应每年进行筛查，年龄≥55岁的妇女应转为两年一次筛查或继续每年筛查；（2）宫颈癌：宫颈癌筛查应从21岁开始，21~29岁女性应每3年进行一次常规或液基巴氏试验筛查；30~65岁女性，应每5年进行一次HPV检测加巴氏试验作为筛查或每3年进行一次巴氏试验；年龄＞65岁女性，在最近10年内巴氏试验连续≥3次阴性，或HPV检测连续≥2次阴性，最近一次检测发生在最近5年内，应停止宫颈癌筛查；已接受过全子宫切除术的女性；（3）肺癌：当前或过去吸烟者，年龄在55~74岁，身体健康，至少有30包-年[每天吸烟量（包）×年数（年）≥30]的吸烟史，应每年筛查低剂量螺旋CT。

https://mp.weixin.qq.com/s/JZ6qipZQmDOArVXAV--Vlg

3、Personal Genome Diagnostics液体活检检测获FDA突破性设备认定

液体活检公司Personal Genome Diagnostics（PGDx）宣布，其PGDx Elio Plasma Resolve cfDNA检测已被美国FDA授予“突破性设备”认定。PGDx的Elio检测利用NGS检测SNV、扩增、重排和微卫星不稳定状态，用以指导癌症患者的治疗选择。

http://www.personalgenome.com/wp-content/uploads/2018/07/Personal-Genome-Diagnostics-PGDx-elio-plasma-resolve-Receives-Breakthrough-Device-Designation-from-FDA.pdf