We discuss the inadequacy of covariances/correlations and other measures in L2 as relative distance metrics under some conditions. We propose a computationally simple heuristic to transform a map based on standard principal component analysis (PCA) (when the variables are asymptotically Gaussian) into an entropy-based map where distances are based on mutual information (MI). Rescaling Principal Component based distances using MI allows a representation of relative statistical associations when, as in genetics, it is applied on bit measurements between individuals' genomic mutual information. This entropy rescaled PCA, while preserving order relationships (along a dimension), changes the relative distances to make them linear to information. We show the effect on the entire world population and some subsamples, which leads to significant differences with the results of current research.


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在统计中,主成分分析(PCA)是一种通过最大化每个维度的方差来将较高维度空间中的数据投影到较低维度空间中的方法。给定二维,三维或更高维空间中的点集合,可以将“最佳拟合”线定义为最小化从点到线的平均平方距离的线。可以从垂直于第一条直线的方向类似地选择下一条最佳拟合线。重复此过程会产生一个正交的基础,其中数据的不同单个维度是不相关的。 这些基向量称为主成分。
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