高通量RNA-Seq测序数据的基因表达水平建模研究

项目名称： 高通量RNA-Seq测序数据的基因表达水平建模研究

项目编号： No.61170152

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 计算机科学学科

项目作者： 刘学军

作者单位： 南京航空航天大学

项目金额： 56万元

中文摘要： 高通量RNA-Seq测序技术近年来大量应用于基因表达水平（GEL）的测量，GEL计算的准确性对后续分析正确得出生物学结论具有至关重要的作用，但该技术中各种系统噪声的存在为GEL的计算带来了挑战。现有方法均采用了离散型概率模型，尽管该类模型能够模拟数据的离散特性，但对系统噪声建模能力相对较弱，难以较好地同时解决RNA-Seq数据中读段非均匀分布和多源映射，以及双末端测序技术下的计算等问题。本项目拟设计连续型概率模型进行RNA-Seq数据GEL的计算，以克服现有方法的不足。重点研究：1）读段计数向模拟信号的转换方式，为连续型概率模型提供数据准备；2）读段模拟化信号的概率建模方法，以消除读段非均匀分布的影响；3）读段多源映射的概率建模，以准确模拟不同异构体的表达水平；4）GEL的概率分布表示，以有效整合不同异构体表达水平。本项目预期能进一步提高GEL计算的准确性，为后续分析打下良好的基础。

中文关键词： 概率模型；RNA-Seq；基因芯片；基因表达水平；差异基因

英文摘要：

英文关键词： probabilistic model；RNA-Seq；microarray；gene expression；differential expression