基于蛋白序列图形表示的膜蛋白结构与功能预测研究

项目名称： 基于蛋白序列图形表示的膜蛋白结构与功能预测研究

项目编号： No.61170110

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 贺平安

作者单位： 浙江理工大学

项目金额： 55万元

中文摘要： 目前80％临床使用药物的靶点集中在膜蛋白上，大多数药物通过与膜蛋白结合起作用。虽然膜蛋白具用重要功能，但其空间结构却很难确认, 从理论上预测这类蛋白质的结构是一个重要的基础性研究。我们将针对与临床药物相关的膜蛋白序列，用数学映射将氨基酸转换为空间中的点，引入蛋白质序列的图形表示，把符号序列转换为几何图形处理，实现蛋白质序列的可视化。利用蛋白序列的图形表示及其数值特征，建立蛋白质序列与空间曲线的对应关系并进行数值化描述，提取药物相关膜蛋白的序列结构特征，特别是跨膜区域的相关信息对应的数学描述，重点研究跨膜区域及其结构模式相关信息的数学描述，挖掘药物相关膜蛋白序列中氨基酸残基的相对分布、非极性侧链位置分布、跨膜区域的基序等相关信息。建立计算模型，进行仿真、预测药物相关膜蛋白的跨膜区和跨膜区结构,构建蛋白质相互作用网络，实现研究其功能的目标。此项目对膜蛋白的理论和应用研究都有重要的科学意义。

中文关键词： 蛋白图形表示；膜蛋白；迭代函数；数值描述；流感病毒

英文摘要：

英文关键词： graphical representation of protein；membrane protein；iterated function system；numerical descriptor；influenza virus