非编码RNA折叠问题的分子动力学模拟研究

项目名称： 非编码RNA折叠问题的分子动力学模拟研究

项目编号： No.30970558

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2010

项目学科： 生物科学

项目作者： 肖奕

作者单位： 华中科技大学

项目金额： 30万元

中文摘要： 近年发现非编码RNA分子具有催化、调控和结构等多方面的功能。由于这些功能的基础是它们的三级结构， 同"蛋白质折叠问题"一样，"RNA折叠问题"也将成为生命科学研究的重大课题之一。除实验研究外，分子模拟方手段是未来研究RNA折叠问题的重要途径。现有RNA折叠分子动力学模拟研究限于10多个核苷酸的RNA片段，主要涉及二级结构的形成，因此严格说目前还没有涉及三级结构的RNA折叠分子动力学模拟研究。本项目基于在生物分子序列与结构关系和蛋白质折叠问题多年研究的基础，通过解决RNA折叠模拟中分子力场与溶剂模型匹配和隐含水模型中金属离子效应模拟等关键问题，提高RNA模拟的准确性和效率，并系统地模拟50个核苷酸左右RNA的折叠过程，使我们对RNA三级结构形成的机制有新的认识。在此基础上，进一步解决基于二级结构预测三级结构方法中二级平面结构转化为立体结构的瓶颈问题，提高较大RNA三级结构预测的准确性。

中文关键词： 非编码RNA；三级结构；折叠问题；结构预测；分子模拟

英文摘要：

英文关键词： Non-coding RNA；3D structure；Folding problem；Structure prediction；Molecular Modeling