面向顺式调控元件及模块识别的近似序列模式挖掘

项目名称： 面向顺式调控元件及模块识别的近似序列模式挖掘

项目编号： No.60905029

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2010

项目学科： 生物科学

项目作者： 贾彩燕

作者单位： 北京交通大学

项目金额： 18万元

中文摘要： 随着新的高效实验技术（如DNA测序、基因芯片技术）的出现，各类生物数据急剧增长，生物学相关领域的研究者面临着"数据越来越丰富但知识越来越匮乏"的困境，迫切需要人们提出有效的方法和手段对已有的生物数据进行挖掘。另一方面，目前数据挖掘领域各基本方法的研究已日臻成熟，基于传统事务数据库的基本算法的研究已很难取得突破，需要新的研究动力给予刺激来推动数据挖掘自身的进展，面向生物数据的数据分析和知识获取给数据挖掘研究提出了许多新的机遇和挑战。在分子生物学领域，由于进化上的保守性各种功能相关的基本元件（如DNA序列上的顺式调控元件和模块、选择性剪切位点，SNP数据上的疾病关联等）均表现出"近似序列模式"的特性，本项目主要针对顺式调控元件和模块识别问题，对DNA序列上的"近似序列模式"进行挖掘，在帮助生物学家识别DNA序列中蕴含的基本元件或模块的同时进一步发展数据挖掘的概念和方法。

中文关键词： 生物信息学；motif；转录因子识别位点；ChIP-Seq；社区发现

英文摘要：

英文关键词： Bioinformatics；motif；TF-binding site；ChIP-Seq；community detection