新型冠状病毒全球实时跟踪地图，多国研发疫苗，在中国或致8042例感染，爆发峰值预计2月中上旬 | 最新nCoV研究大汇总

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本文转载自：专知

导读

• 约翰·霍普金斯大学的全球冠状病毒实时扩散地图

• 新型冠状病毒溯源取得阶段性进展，武汉华南海鲜市场存在大量新型冠状病毒

• 多国加紧研发新型冠状病毒疫苗和治疗药物

• 北大课题组：新型冠状病毒中间宿主或为水貂

• 2019- nCov在中国可能导致8042例（区间为4199-11884）感染和898例（区间为368- 1429）死亡，对应的致死率为11.02%（区间为9.26%-12.78%）。

• 2019-nCoV累计病例数约为SARS总病例数的2-3倍，峰值预计在2月上旬或中旬到来。

• 作者认为，进出武汉的交通管制不太可能有效地阻止全国范围内疫情的传播，即使有效地减少99%的交通，至2月4日武汉之外的疫情也只能降低24.9%。

• 与其他突发性冠状病毒相比，2019-nCoV的基本繁殖数量更高，这意味着遏制或控制这种病原体可能会更加困难。

• 1月25日，生物预印本网站BioRxiv更新4篇关于武汉新型冠状病毒的研究论文，医学预印本平台medRxiv也在24日更新一篇，共同分析了新型肺炎的流行病学特征和该病毒的全基因组特征。

  
  

• 哈佛大学流行病学家披露，新型冠状病毒疫情是热核武级别的瘟疫

丁香数据https://3g.dxy.cn/newh5/view/pneumonia

以下为详细介绍：

约翰·霍普金斯大学的全球冠状病毒实时扩散地图

“Wuhan Coronavirus (2019-nCoV) Global Cases (by JHU CSSE)”

地址：

https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

新型冠状病毒溯源取得阶段性进展，武汉华南海鲜市场存在大量新型冠状病毒

自新型冠状病毒疫情发生以来，该中心病毒病所持续攻坚，在病毒溯源研究中取得阶段性进展。该所首次从华南海鲜市场的585份环境样本中，检测到33份样品含有新型冠状病毒核酸，并成功在阳性环境标本中分离病毒，提示该病毒来源于华南海鲜市场销售的野生动物。

　　武汉新型冠状病毒疫情早期确诊的病例，大多来自武汉华南海鲜市场。2019年12月31日，根据中国疾控中心要求，该所选派专家组赴武汉参加疫情防控，于2020年1月1日凌晨，起草《环境溯源工作方案》。1月1日上午8时赴华南海鲜城，针对病例相关商户及相关街区集中采集环境样本515份，运送至病毒病所进行检测。1月12日，病毒病所专家再次在华南海鲜市场采集野生动物贩卖商铺相关标本70份，并转运至实验室进行检测。

　　两批华南海鲜城的样本共计585份，PCR检测结果显示其中33份标本为新型冠状病毒核酸阳性。这些阳性样本分布在市场上的22个摊位和1个垃圾车，其中93.9%(31/33)阳性标本分布在华南海鲜市场的西区。经调查发现，华南海鲜市场名义上是海鲜市场，但实际上却是个综合市场。华南海鲜市场西区存在野生动物交易，尤其是西区的七街和八街靠近市场内部的区域存在多家野生动物交易商铺，而这一区域的阳性标本也比较集中，占全部阳性样本的42.4%(14/33)。综上所述，高度怀疑此次疫情与野生动物交易有关。

　　对核酸检测阳性的样本，病毒病所采用冠状病毒敏感细胞系开展了病毒分离工作，从电镜观察、PCR和深度测序结果均提示，成功从环境样本中分离到新型冠状病毒，进一步证实在华南海鲜城环境中存在着大量的新型冠状病毒2019-nCoV

相关信息：

http://www.xinhuanet.com/politics/2020-01/26/c_1125503792.htm

综述：多国加紧研发新型冠状病毒疫苗和治疗药物

为应对新型冠状病毒感染肺炎疫情，全球科研机构和制药公司正加紧相关疫苗研发和抗病毒药物试验。研究人员说，一些病毒疫苗研发新技术有望缩短新型冠状病毒疫苗研发时间。此外，各国科研人员也在加紧筛选一批可用于新型冠状病毒感染肺炎患者临床治疗的候选药物。

　　新技术有望缩短疫苗研发时间

　　冠状病毒也是引发此前严重急性呼吸综合征（SARS）和中东呼吸综合征（MERS）疫情的“罪魁祸首”。科研人员说，对SARS冠状病毒和MERS冠状病毒的研究和技术进步将为新型冠状病毒疫苗研发提供帮助。

　　美国国家过敏症和传染病研究所所长安东尼·福奇和宾夕法尼亚州立大学医学院传染病专家凯瑟琳·保莱斯等人23日在《美国医学会杂志》上撰文说，自SARS出现以来，医学界对冠状病毒的研究及技术进步可大幅缩短新型冠状病毒疫苗开发时间，候选疫苗有望在3个月后展开人体临床试验。

　　此前，从获得SARS冠状病毒的基因组序列到疫苗I期临床试验需20个月研发周期。美国国家过敏症和传染病研究所疫苗研究中心利用核酸疫苗平台，成功将疫苗研发周期缩短到3.25个月。研究人员认为，在信使核糖核酸（mRNA）疫苗技术的帮助下，新型冠状病毒疫苗研发速度有望更快。

　　澳大利亚昆士兰大学研究人员也正利用一种名为“分子钳”的专利技术以期快速生产针对新型冠状病毒的疫苗，该技术能够增加病毒蛋白的稳定性。研究团队尝试利用该技术开发针对MERS冠状病毒、尼帕病毒、埃博拉病毒和流感病毒的疫苗，已取得非常理想的实验效果。

　　该科研项目领头人之一、昆士兰大学的基思·查佩尔对新华社记者说，学校的研究团队已获得新型冠状病毒的基因序列，目前正处于研制相关疫苗的初期阶段。

　　查佩尔表示，疫苗研制工作非常困难，因此全球各实验室同时展开疫苗研制工作非常重要。他说：“我们要跟病毒赛跑，争分夺秒为全人类开发出有效的疫苗。”

　　相关专家认为，即便加速研发出新病毒疫苗，还需走漫长的临床试验和审批流程，可能难以立刻用于当下疫情防控。美国国家过敏症和传染病研究所正在研发的新型冠状病毒疫苗预计几个月后可开展第一阶段临床试验，可能一年以后才会有疫苗进入市场。因此，目前最有效的方法还是利用公共卫生手段防控疫情蔓延。

　　抗病毒药物有效性尚待评估

　　目前，多国科研人员都在加紧研究对新型冠状病毒有效的治疗药物，特别关注一些已显示出对其他冠状病毒感染有疗效的药物。研究人员正在评估这些抗病毒药物在临床治疗中的有效性，并围绕这一课题加强国际合作。

　　美国国家过敏症和传染病研究所和宾夕法尼亚州立大学医学院等机构专家认为，广谱抗病毒药Remdesivir、抗逆转录病毒药物洛匹那韦/利托那韦、贝塔干扰素在动物实验中对MERS显示了一定疗效，目前研究人员正在评估它们是否可用于治疗新型冠状病毒。

　　英国《柳叶刀》杂志新近刊发的新型冠状病毒研究专题也提到，针对MERS冠状病毒疫苗和抗病毒药物的临床试验正在进行中。另有一项以洛匹那韦/利托那韦治疗新型冠状病毒的对照试验也已展开。洛匹那韦和利托那韦通常联合使用，是治疗艾滋病的常用药物。

　　由世界卫生组织国际临床试验注册平台认证的中国临床试验注册中心网站信息显示，这项临床试验名为“一项评价洛匹那韦/利托那韦和干扰素-a2b联合治疗武汉新型冠状病毒感染住院患者的疗效和安全性随机、开放、空白对照的研究”，已由武汉市金银潭医院于23日注册展开。中国国家卫生健康委员会等机构在《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第三版）》中也推荐试用洛匹那韦/利托那韦。

　　英国病毒研究机构珀布赖特研究所的海伦娜·迈尔说，目前尚无针对新型冠状病毒的治疗药物正式获批上市。现有治疗方案是帮助病毒感染者控制症状，以帮助其身体对抗病毒。全世界相关科研人员都在努力研究冠状病毒如何在细胞内自我复制以及如何致病，这些将为新疫苗和抗病毒药物研发奠定基础。

相关文献信息

http://www.xinhuanet.com/politics/2020-01/26/c_1125503631.htm

北大课题组：新型冠状病毒中间宿主或为水貂

新型冠状病毒的传染源至今未明。北京大学工学院生物医学工程系教授朱怀球团队1月24日发表的研究文章提示，蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主，其中水貂可能为中间宿主。

　　上述研究文章题为“深度学习算法预测新型冠状病毒的宿主和感染性”，发表于bioRxiv预印版平台，研究使用的是基于深度学习算法开发的VHP（病毒宿主预测）方法，用以预测新型冠状病毒潜在宿主。

　　研究提示，与感染其他脊椎动物的冠状病毒相比，蝙蝠SARS样冠状病毒与新型冠状病毒具有更相似的感染模式。此外，通过比较所有宿主在脊椎动物上的病毒传染模式，发现水貂病毒的传染性模式更接近新型冠状病毒。

　　这说明，蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主。

　1月23日，中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽团队在bioRxiv预印版平台上发表文章“一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源”。该研究表明，新型冠状病毒的自然宿主最有可能是蝙蝠，它与云南菊头蝠中存在的RaTG13冠状病毒一致性高达96%。

　　病毒感染力方面，朱怀球团队研究表明，新型冠状病毒的6个基因组都极有可能感染人类。预测结果提示，新型冠状病毒具有与严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、蝙蝠SARS样冠状病毒（Bat SARS-like CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）类似的感染人类的强大潜力。

BioRxiv

模拟中国2019年新型冠状病毒疫情流行趋势

西安交通大学及南京医科大学等机构研究人员，及时评估了处于初始阶段的中国新型冠状病毒（2019-nCov）疫情，结果显示2019-nCov的传播能力与SARS和MERS相当，但致死率较低。

数学模型表明，2019- nCov在中国可能导致8042例（区间为4199-11884）感染和898例（区间为368- 1429）死亡，对应的致死率为11.02%（区间为9.26%-12.78%）。这低于SARS的14%到15%和MERS的34.4%，表明2019-nCov可能是冠状病毒家族中毒性较小的毒株。

然而，研究人员承认，在疫情的早期阶段，由于许多感染病例尚未发展到关键阶段，死亡病例可能未得到充分报告。

2019- nCov的基本繁殖数量（R0）是病毒最初可传播性的一个指标，在2019年12月12日开始流行时，估计为4.71，但到2020年1月22日，其有效繁殖数量（Re）下降到2.08。如果继续下降趋势，假设疫情不再复发，则在疫情开始后3个月内（77天），Re将下降到1以下，说明疫情将在3个月内逐渐消失。与SARS和MERS相比，2019-nCov的R0与SARS相似。

研究人员还认为，快速诊断并保证病例及时隔离，以及综合干预措施，将对2019-nCov疫情未来趋势产生重大影响。

然而，中国正面临春运高峰，并且疫情已蔓延至境外，有必要进一步研究其潜在的时空传播模式和批准新的干预策略。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.23.916726

武汉爆发冠状病毒疫情：加强监测对预防新地点的持续传播至关重要

截至2020年1月24日，源自中国武汉的新冠状病毒肺炎爆发已造成830例确诊病例，包括26例死亡。该病毒（2019-nCoV）已在中国其他地区和其他国家传播，包括韩国、泰国、日本和美国。

幸运的是，还没有证据表明在中国以外的地方出现了持续的人际传播。在这里，英国牛津大学研究人员评估了，2019-nCoV到达其他国家时，可能出现的持续传播风险。

研究人员使用47名受感染患者从症状出现到住院治疗的时间数据，估计了输入病例之后出现持续人际传播的概率。

结果显示，2019-nCoV与SARS冠状病毒具有类似的传播能力，输入病例之后出现持续人际传播的概率为0.37。

然而，如果通过严密的监测，可使从症状出现到住院的平均时间减半，这样一来输入性病例导致持续传播的概率仅为0.005。

这强调了世界各国当前病毒监测工作的重要性，以确保正在发生的疫情不会成为大规模的全球流行病。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.24.919159

从SARS-CoV到武汉2019-nCoV：历史会重演吗?

中国正在发生的大规模肺炎疫情是由2019-nCoV引起的，这是一种新型冠状病毒，与SARS疫情中的SARS- Cov高度相似。由于仍处于早期阶段，暴发的原因和后果在很大程度上仍不清楚。

由于新病毒的许多方面与2003年的SARS相似，SARS疫情爆发的知识、模式和教训对于应对2019-nCoV暴发是宝贵的资源。

利用SARS疫情暴发早期的流行病学调查和分析，中山大学和美国波士顿大学等机构研究人员，评估和比较了这两次暴发的特征，并预测了当前2019-nCoV爆发的可能结果。

数据显示，与SARS-CoV一样，2019-nCoV具有较高的人际传播能力，医护人员和家庭成员是高危人群。由于早期爆发阶段恰逢中国春运高峰，因此防控病毒传播是一个挑战。

在这种情况下，2019-nCoV超级传播者的出现和活动轨迹难以确定。利用迄今报告的病例数据，研究人员建立了logistic模型，预测了2019-nCoV病例的累计和每日计数。

结果显示，2019-nCoV累计病例数约为SARS总病例数的2-3倍，峰值预计在2月上旬或中旬到来。

在应对方面，应该限制或禁止区域性迁移，以防止超级传播者的出现和移动，同时迫切需要在全国范围内加强监控并采取有效措施来控制这种流行病。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.24.919241

新型冠状病毒的全基因组特征

不断出现的感染性疾病，包括SARS、MERS、Zika以及高致病性流感，对于公众健康构成严重威胁。

这些新型病毒出现的时间、地点和方式仍然很大程度上未知。

复旦大学张永振等人研究了来自武汉海鲜市场的7名患病人员。研究人员从一名病患身上收集了支气管肺泡灌洗液，利用测序技术鉴定出了该新型RNA病毒WHCV。

病毒全基因组分析显示，该病毒与SARS病毒非常接近（89.1%的核苷酸相似性）。SARS病毒样本来自蝙蝠，并有基因重组历史。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.24.919183

MedRxiv

新型冠状病毒2019-nCoV：流行病学参数的早期估计和流行病学预测

2019年12月，一种新型冠状病毒（2019- nCov）被认为出现在中国武汉的人群中。自那时以来，武汉的确诊病例数量迅速增加，中国其他城市和国家也出现了确诊病例（截至2020年1月23日）。

英国兰卡斯特大学、美国佛罗里达大学等机构研究人员开发了一个传播模型，评估关键的流行病学措施，并预测疫情的可能进程，以及进出武汉的旅行限制的潜在影响。

结果显示，至1月20号，武汉市约有3500名感染病例（预测区间3050-4017）；从2020年初到21日，预计总感染人数约为11000余例（预测区间9217-14245）。如果不加防控，到2020年2月4日，预计2019 n-CoV感染例数为191529（区间为132751-273649）。

研究人员还估算了2019-nCoV病毒人际传播能力，认为其比SARS和MERS病毒要高，但在疫情早期与SARS的相近。

而且，作者认为，进出武汉的交通管制不太可能有效地阻止全国范围内疫情的传播，即使有效地减少99%的交通，至2月4日武汉之外的疫情也只能降低24.9%。

研究还表明，与其他突发性冠状病毒相比，2019-nCoV的基本繁殖数量更高，这意味着遏制或控制这种病原体可能会更加困难。

不过，研究人员表示，由于模型基于OAG交通分析数据库信息，不包括铁路和公路运输，因此可能低估了当地的连通性，也没有考虑随机效应，因此可能低估了限制旅行措施的潜力。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.23.20018549

哈佛大学流行病学家披露，新型冠状病毒疫情是热核武级别的瘟疫

25日，在哈佛大学任教15年的流行病学家Dr. Eric Feigl-Ding在推特表示：新冠状病毒的R0值竟然是3.8！！！这意味着什么？这可是热核级别的瘟疫—- 在我的职业生涯中，从未实际见过那么猛的系数。我并不是在夸大 ……

我们估计基本的感染繁殖数字（R_0）是3.8（95%的置信区间，3.6-4.0），而且算上了72%-75%的传播被有效控制措施抑制的情况。

我们的模型还指出，对武汉的封城并不能有效阻止疫情在中国境内的传播；至2月4日，即便是有效阻断99%的人员流动，在武汉以外的疫情也只能减少24.9%

我们的调查结果严格遵照模型所基于的假设、时间与确诊数报告，以及目前所处的早期阶段爆发所带来相当大的不确定性。

鉴于以上所有的警告，我们认为2019-nCoV病毒爆发的基本繁殖数比其他的急性冠状病毒都要高，对其病原体的防控难度也会随之大大提高！！！

总结说：所以这对整个世界来说意味着什么？？？我们正面对着史上最毒的病毒疫情。Ro=3.8意味着它已超过温顺的SARS病毒（0.49）的7.75倍—将近8倍！

相关文献信息：

https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/news--wuhan-coronavirus/

参考资料：

[1] Jonathan MR et al. Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions. medrxiv.1.24.2020. doi.org/10.1101/2020.01.23.20018549

[2] Peng Zhou et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv. 1 21, 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.22.914952

[3] Mission summary: WHO Field Visit to Wuhan, China 20-21 January 2020. https://www.who.int/china/news/detail/22-01-2020-field-visit-wuhan-china-jan-2020

[4] CGTN. Things you need to know about the world’s largest human migration.

https://news.cgtn.com/news/2020-01-19/What-is-the-world-s-largest-human-migration--Nmsd7OcJ8Y/index.html

[5] Imai N, et al. Estimating the potential total number of novel Coronavirus cases in Wuhan City, China. Imperial College. https://www.imperial.ac.uk/media/imperial-college/medicine/sph/ide/gida-fellowships/2019-nCoV-outbreak-report-22-01-2020.pdf

参考：科学网公众号、新华网等

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