Many studies used the Shannon entropy of transcriptome data to determine cell dedifferentiation and differentiation. The collection of evidence has strengthened the certainty that the transcriptome's Shannon entropy may be used to quantify cellular dedifferentiation and differentiation. Quantifying this cellular status is being justified, we propose the term liberality for the quantitative value of cellular dedifferentiation and differentiation. In previous studies, we must convert the raw transcriptome data into quantitative transcriptome data through mapping, tag counting, assembling, and more bioinformatic processing to calculate the liberality. If we could remove this conversion step from estimating liberality, we could save computing resources and time and remove technical difficulties in using the computer. In this study, we propose a method of calculating cellular liberality without those transcriptome data conversion processes. We could calculate liberality by measuring the compression rate of raw transcriptome data. This technique, independent of reference genome data, increased the generality of cellular liberality.


翻译:许多研究都使用抄录数据香农封套,确定细胞差异和差异。证据的收集加强了以下确定性:可使用抄录室的香农封套,量化细胞差异和差异。对这种细胞状态进行量化是有道理的,我们提议了细胞差异和差异数量价值的自由化术语。在以往的研究中,我们必须通过绘图、标记计数、集合和更多的生物信息处理,将原始抄录数据转换成定量数据,以计算自由度。如果我们能够从估计自由度中去除这一转换步骤,我们可以节省计算资源和时间,并消除使用计算机的技术困难。在这项研究中,我们提出了一种计算细胞自由度的方法,而没有这些抄录数据转换过程。我们可以通过测量原始抄录数据的压缩率来计算自由度。这种技术独立于参考基因组数据,增加了细胞自由度的一般性。

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