蛋白质三维拼装基元

项目名称： 蛋白质三维拼装基元

项目编号： No.11175224

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 数理科学和化学

项目作者： 郑伟谋

作者单位： 中国科学院理论物理研究所

项目金额： 60万元

中文摘要： 蛋白质只有在折叠成特定的构形之后方能行使功能。结构测定是蛋白质组学的瓶颈，使用计算的方法根据蛋白质序列预测结构非常有意义。基于序列保守性的结构预测经典方法不适于远同源情形。基于局部序列-结构保守性的片段拼接法，受制于自由能经验统计势的有效性，通常不足以从众多的'最优'构形中挑选出唯一的天然构形，结果不很理想。规则二级结构片段通过基本物理相互作用如疏水相互作用形成保守的折叠内核，可望有最大的序列保守性。本项目考察来自不同螺旋或片层的小距离残基对，用残基对联线的长度、该联线与两个规则二级结构片段轴向之间形成的两个折角和一个扭角描述片段对的几何，在结构和序列的联合空间寻找保守模体作为蛋白质三维拼装基元，构建模体库。这样的基元直接刻画三维空间约束和拼装方式，是对传统统计势的重要补充，有助于加深对蛋白质折叠物理的认识，可用于蛋白质结构的分类、注释和预测，包括结构对接的预测。

中文关键词： 蛋白质结构；蛋白质结构模体；蛋白质拼装基元；蛋白质结构预测；

英文摘要：

英文关键词： protein structures；protein structure motifs；protein packing units；protein structure prediction；