基于新一代测序技术的K单体型组装算法研究

项目名称： 基于新一代测序技术的K单体型组装算法研究

项目编号： No.61363035

项目类型： 地区科学基金项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 吴璟莉

作者单位： 广西师范大学

项目金额： 45万元

中文摘要： 随着对单体型数据研究和应用的深入及新一代基因测序技术的发展，单体型组装问题已成为生物信息学的研究热点，已有多个计算模型，这些模型绝大多数为NP-难及APX-难的。本课题主要研究多倍体生物个体及病毒准种单体型组装的有效计算模型和算法，涉及两类计算问题：K(单体型个数)值已知和K值未知组装问题。课题首先将单体型组装问题从二倍体个体扩展至多倍体个体，并深入分析新一代测序技术片段较短、测序误差较大和覆盖深度大等特征，提出病毒准种单体型组装问题的有效计算模型；通过采用进化计算、聚类技术等成熟的算法理论，分析测序片段数据中潜在的数据特征，研究设计高效实用的组装算法；最终开发出行之有效的 K 单体型组装软件。本项目的研究将为多倍体个体及病毒准种单体型组装提供系统的理论和方法，推动相关学科领域的发展，有力地促进单体型组装及其在疾病检测和药物设计等相关领域的应用。

中文关键词： 单体型；组装；多倍体；准种；新一代测序

英文摘要： With the deepening of research and application of haplotypes and the development of NGS technology, haplotype assembly problem has become one of the hot reaserch areas in bioinfomatics. There have been several versions of computational model to solve this

英文关键词： haplotype；assembly；polyploid；quasispecies；next-generation sequencing