基于近似重复矢量的DNA序列数据压缩算法研究

项目名称： 基于近似重复矢量的DNA序列数据压缩算法研究

项目编号： No.60872125

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2009

项目学科： 金属学与金属工艺

项目作者： 纪震

作者单位： 深圳大学

项目金额： 32万元

中文摘要： 针对DNA序列数据每天以海量速度增长和占用存储空间日益增加的问题,本项目研究基于矢量的DNA序列数据压缩算法。 在DNA序列数据压缩过程中发掘序列的生物学解释,采用生物启发式优化算法实现高效的DNA序列仿生聚类，生成编码性能更高的近似重复矢量，替代传统的重复子串匹配方法是本项目追求的目标。 本项目将利用近似重复矢量编码技术寻求DNA序列数据无损压缩中的最佳码书设计。运用生物学知识构建具有生物信息学知识的DNA序列仿生聚类, 寻找序列的生物特性,提取近似重复矢量,构造DNA序列数据的近似重复矢量的数学模型，认识和掌握其内在机理和本质特性。 ` 本项目将DNA序列数据压缩研究从"精确重复子串匹配"、"最长精确重复子串匹配"、"近似重复子串匹配"拓展到"近似重复矢量"阶段，在国际上属于源头创新，对于提高DNA序列数据编码效率有着重要的理论价值。

中文关键词： DNA序列数据压缩;近似重复矢量;码书设计;生物启发式优化算法;仿生聚类

英文摘要：

英文关键词：