双螺旋DNA结构中规则的碱基对间氢键的进一步研究

项目名称： 双螺旋DNA结构中规则的碱基对间氢键的进一步研究

项目编号： No.61163021

项目类型： 地区科学基金项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 计算机科学学科

项目作者： 李许卿

作者单位： 昆明理工大学

项目金额： 50万元

中文摘要： 长期以来一直认为DNA碱基上的氨基与碱基环共平面。但最近研究表明它们是非平面的。为此我们研究了非平面氨基对DNA结构可能产生的影响，并于去年底在国外SCI杂志发表了一个新DNA模型和实验支持数据。除了碱基配对氢键，新模型还有另一种由非平面氨基形成的规则氢键：相邻碱基对间（inter-base-pair，IBP）氢键。本项目将对核酸数据库NDB进行统计分析和信息挖掘，并整合分子结构建模方法，选择以下内容，做进一步研究：1)两核苷酸对是研究序列信息和碱基堆积的最小尺度，将深入探索两核苷酸对尺度的'碱基序列-IBP氢键-堆积构象-堆积灵活性'关联；2)探索DNA片段的'碱基序列-IBP氢键-螺旋构象和柔韧性'关联；3)探讨在DNA解螺旋机制和A－tract弯曲中IBP氢键的作用机理。DNA精细结构、特性和功能对碱基序列的依赖性是尚未解决的重要基本问题，本项目将为该问题和相关问题的研究提供新思路。

中文关键词： 相邻碱基对间氢键(IBP H-Bond)；序列依赖性；碱基堆积；螺旋构象；DNA柔韧性

英文摘要：

英文关键词： Regular inter-base-pairs hydrogen bond(IBP H-Bond)；sequence-dependence；Base stacking；helical conformation；DNA flexibility