基于小样本的RNA甲基化测序数据高分辨率差异分析方法研究

项目名称： 基于小样本的RNA甲基化测序数据高分辨率差异分析方法研究

项目编号： No.61401370

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2014

项目学科： 无线电电子学、电信技术

项目作者： 孟佳

作者单位： 西交利物浦大学

项目金额： 28万元

中文摘要： 近来，RNA甲基化被发现参与生物钟和RNA分解等重要的生化功能。由于RNA分子稳定性差、基因亚型和RNA差异表达等原因，现有的工具并无法有效满足新出现的RNA甲基化测序（MeRIP-Seq）数据差异分析的需求。 本项目将构建一套针对MeRIP-Seq数据差异分析的软件平台：其核心是基于小样本（或者过度散布）的RNA甲基化差异分析的统计模型。关键的研究内容同时涵盖：局部异常的去除、基于隐马尔可夫模型的高分辨率差异分析、甲基化位点的可视化、多种组学数据与RNA甲基化数据的融合，组学数据的算法优化，并行计算和开源跨平台软件实现等方面。 所开发的软件和方法将会直接应用于乳腺癌MeRIP-Seq数据中以研究癌症中RNA甲基化异常现象。前期研究发现软件预测结果与实验条件高度吻合；并且抗癌症通路P53在乳腺癌细胞中显著的富集有RNA差异甲基化基因，表明RNA甲基化与癌症机理的联系和其未来在癌症治疗中

中文关键词： RNA甲基化；表观转录组学；6-甲基腺膘呤；表观遗传学；生物信息学

英文摘要： RNA methylation has recently been found to participate in a series of important molecular functions, including, circadian clock and RNA degradation. Because RNA’s instable chemical structure, transcript isoform and differential expression, the existing to

英文关键词： RNA methylation；epitranscriptomics；m6A；epigenetics；bioinformatics